辣椒全基因组中CBL、CIPK基因家族的鉴定及特性分析

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CBL、CIPK作为钙离子介导的信号转导通路上的重要蛋白在植物逆境应答和生长发育过程中发挥着重要的作用。本研究通过本地t BLASTn鉴定出辣椒中CBL、CIPK基因家族成员序列信息;运用MEGA程序构建系统进化树;利用GSDS程序对基因结构保守性进行分析、MEME程序进行基序分析以及UGENE、plant CARE软件对顺势作用元件进行了分析,显示9个辣椒CBL基因,21个辣椒CIPK基因分别分布于不同的染色体上,Ca CBL基因内含子个数保守为7~9个;Ca CIPK基因分为多内含子(11~14)和少内含子(0~1)两类。在辣椒CBL基因和CIPK基因的上游1 000 bp序列中存在多个应答不同逆境和植物激素的顺式作用元件且种类和数目各不相同。相互作用预测发现,辣椒CBL-CIPK可能存在多个相互作用通路。本研究可为进一步研究辣椒CBL、CIPK基因的功能以及辣椒中CBL-CIPK介导的Ca~(2+)信号转导通路提供有益参考。 CBL and CIPK play an important role in plant stress response and growth and development as important calcium-mediated signal transduction pathways. In this study, the sequence of CBL and CIPK gene family members in pepper was identified by local t BLASTn. Phylogenetic tree was constructed by using MEGA program. The structural conservation of GSUS gene was analyzed by GSDS program. The MEME program was also used to analyze the motifs and UGENE, plant CARE software The homeopathic components were analyzed, showing that 9 capsicum CBL genes and 21 capsicum CIPK genes were distributed on different chromosomes respectively. The number of introns in Ca CBL gene was conserved from 7 to 9; Ca CIPK gene was divided into multiple internal Contain (11 ~ 14) and less introns (0 ~ 1) two categories. There are multiple cis-acting elements that respond to different stresses and plant hormones in the 1 000 bp sequence upstream of the CBL gene and the CIPK gene in chili and vary in the number and type. Interaction prediction found that pepper CBL-CIPK may exist multiple pathways of interaction. This study provides a useful reference for the further study of the functions of the capsicum CBL and CIPK genes and the CBL-CIPK-mediated Ca 2+ signal transduction pathway in pepper.
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