YABBY基因家族成员在叶和叶衍生器官如子叶，花器官和胚珠珠被的发育中起关键作用。拟南芥中，YABBY基因家族已经有较透彻的研究。本研究以拟南芥YABBY基因为检索序列，挖掘辣椒‘遵辣一号’和其野生祖先‘Chiltepin’基因组中的YABBY基因序列，并进行染色体定位、系统进化及可能的功能等分析。分析结果表明，辣椒基因组中含有7～8个YABBY基因，和墨西哥野生祖先‘Chiltepin’相比，栽培品种‘遵辣一号’YABBY基因大体保持了一致，但也有重要的区别。‘Chiltepin’九号染色体上的基因Capang09g000047，与‘遵辣一号’中一号染色体上的Capana01g003578序列相近，位于同一分支。可能是由于‘Chiltepin’九号染色体上的基因Capang09g000047发生了移位产生。此外，‘遵辣一号’中十一号染色体上的Capana11g002002，在‘Chiltepin’中没有对应基因。这一基因与‘遵辣一号’和‘Chiltepin’一号染色体上的同源基因序列非常相似。对YABBY基因家族在‘遵辣一号’开花期植株的幼叶、成熟叶片、花芽和成熟花中的表达分析，发现YABBY基因家族成员在叶和花中广泛表达。不同成员间表达量具有较大差异。本研究为辣椒基因组中YABBY基因家族的功能研究提供了理论基础。