目的:DNA甲基化是基因转录的一种重要表观遗传调控因子,近年来已有研究证实异常的DNA甲基化基因可能是早期复发性妊娠丢失（early recurrent pregnancy loss,ERPL）的潜在原因,但其作用机制尚未完全阐明。本研究旨在通过生物信息学技术,整合分析早期复发性妊娠丢失转录组学及DNA甲基化芯片数据,筛选ERPL差异表达基因,并预测关键基因可能的作用机制。方法:从GEO数据库下载转录组基因芯片谱（GSE22490,GSE76862）和基因甲基化芯片谱（GSE43256,GSE74738）数据,利用GEO2R获得差异甲基化基因（methylated-DEGs）,通过STRING及Cytoscape建立蛋白质-蛋白质相互作用关系（protein-protein interaction network,PPI network）网络,对建立的网络进行功能及富集分析。预测与DNA启动子甲基化相关的转录因子（Transcription factors,TFs）,初步探讨转录因子和差异甲基化基因相互作用的机制。同时,收集正常早孕妇女及ERPL患者绒毛组织各22例,对PPI网络预测的关键基因ERCC2、MLH1、PLEK、FOS进行q RT-PCR验证。结果:1.整合分析基因及DNA甲基化芯片,共鉴定出90个高甲基化低表达基因,49个低甲基化高表达基因,这些基因在细胞代谢、DNA代谢及免疫、生长发育等生物学过程富集,路径富集显示其在DNA损伤修复、催产素信号通路、B细胞受体信号通路起重要作用。PPI网络分析筛选出ERCC2、MLH1、PLEK、FOS等关键基因。2.对关键基因进行q RT-PCR验证,与正常早孕组相比,ERCC2、MLH1在ERPL组中低表达,PLEK、FOS在ERPL组中高表达,其中,MLH1的表达具有统计学意义（p0.05）。3.TFs-DNA甲基化-基因调节网络预测SP1、POLR2A、YY1、DRF2、PKNOX1等转录因子参与高甲基化低表达基因DNA启动子甲基化的调节,转录因子SP1、POLR2A、CREM、CREB1、ZEB2参与低甲基化高表达基因的调节。其中,YY1、FOXP3、P53可能与MLH1在ERPL中的作用机制相关。结论:综上所述,本研究发现ERPL中存在异常的甲基化差异表达基因,TFs-DNA甲基化-基因调节网络可能与其作用机制相关,异常表达的MLH1可能与ERPL的发生有关。