LncRNA ASB16-AS1在肝癌不完全射频消融治疗后残余癌中的作用及机制

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背景与目的:肝癌是最常见的恶性肿瘤之一,患者生存率差,致死性高。射频消融治疗(Radiofrequency ablation,RFA)作为早期肝癌的一线治疗方案,极大的提高了患者的预后及生活水平。然而,相关研究发现,各种原因导致的RFA后肿瘤的残留是其较高复发率重要原因之一。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)可在多种层面通过调控基因的表达从而参与调控相关的生物特性。然而,lnc RNA在肝癌RFA后残余灶快速进展中的作用及机制仍不清楚。材料与方法:1.体内模拟肝癌不完全射频消融治疗后残余灶形成:于裸鼠皮下种植肝癌细胞Hep G2,经培养后进行射频消融治疗。通过苏木素-伊红染色(Hematoxylin-eosin staining,HE)确定消融后的病理形态,线粒体酶活性测定法评估消融后肿瘤组织活性。2.筛选残余肿瘤组织中差异表达的lnc RNAs及mRNAs:通过对残余肿瘤组织与对照组组织进行高通量测序,筛选出在残余肿瘤组织中差异表达的lnc RNAs及mRNAs。3.差异lnc RNAs及mRNAs功能分析:通过相关性分析构建lnc RNA-mRNA共表达网络。通过基因本体分析(Gene Ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书通路分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)确定差异表达mRNAs在残余肿瘤组织中的功能。4.lnc RNA ASB16-AS1在肝癌中的表达及功能分析:生物信息学分析ASB16-AS1在肝癌中的表达。通过si RNA-ASB16-AS1-si-1分别转染MHCC97H、MHCC97L细胞后,CCK-8实验检查细胞增殖功能的影响。5.ASB16-AS1在肝癌中作用机制分析:通过表达相关性、转录因子结合位点及结构拟合等方面探讨ASB16-AS1影响残余肿瘤生物学活性的可能作用机制。结果:1.体内模拟肝癌不完全射频消融治疗后残余灶形成肝癌裸鼠皮下肿瘤经培养后平均直径约1.5x1.5cm。经RFA处理后,HE染色结果显示消融中心呈单一均匀红染,周边区域可见碎裂细胞核结构;线粒体酶活性测定结果显示消融周边肿瘤组织活性存在。2.筛选残余肿瘤组织中差异表达的lnc RNAs及mRNAs通过高通量测序技术检测,在射频消融治疗后残余肿瘤组织中高表达的lnc RNA共计161个,低表达的为579个。另外,残余肿瘤组织中高表达的mRNA共计87个,低表达的共计576个。3.差异表达lnc RNAs及mRNAs功能分析总共收集到1201对lnc RNAs和mRNAs之间的共表达相关性。通过分别对上调及下调的基因进行GO及KEGG通路分析,结果显示差异mRNA显着富集在抗原加工,内源性抗原的呈递,细胞代谢过程的调节,MAPK信号传导和细胞周期调节有关的途径中。4.ASB16-AS1在肝癌中高表达并调控肝癌细胞增殖能力通过芯片及GEO表达数据分析lnc RNA ASB16-AS1在残余癌组织中高表达。基于TCGA大样本分析结果显示,ASB16-AS1在肝癌中较正常肝组织高表达(p<0.01)。CCK-8实验结果显示相比对照组,ASB16-AS1沉默后肝癌细胞MHCC97H及MHCC97L活力降低。5.ASB16-AS1在肝癌中作用机制分析通过对残余癌测序数据、TCGA数据、GEO数据进行相关性分析,结果显示与ASB16-AS1的表达具有相关性的转录因子为FOXP4。同时,与FOXP4的表达具有相关性的mRNA为NDST2、ERAL1、CCDC85C、SLC39A13。分子对接结果显示FOXP4与ASB16-AS1结合得分为-355.65,FOXP4与NDST2结合得分为-323.43。结论:1.成功构建肝癌不完全射频消融后残余肿瘤组织模型,其中lnc RNAs及mRNAs在残余癌组织中的表达发生改变。2.经生物信息学分析确定差异表达mRNAs在抗原的呈递、细胞代谢、信号传导及细胞周期中发挥重要作用。3.ASB16-AS1在残余肿瘤组织中高表达,并促进肝癌细胞的增殖。4.ASB16-AS1可能通过与转录因子FOXP4结合从而调控NDST2的表达,从而参与调控肝癌射频消融治疗后残余癌的增殖能力。
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