基于噬菌体展示技术的SH2超亲体开发与研究

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生物体内的酪氨酸激酶家族和其催化底物形成的磷酸化修饰位点组成了酪氨酸激酶信号网络。系统分析酪氨酸信号网络能够帮助测量细胞的生理和病理状态、识别癌症生物标记物和发现药物靶点。研发的SH2超亲体富集磷酸化修饰酪氨酸(p Tyr)效果优于商业化抗p Tyr抗体,且分子量小(约13 KDa),易于制备。基于SH2超亲体的富集实验,可以定量判断肿瘤细胞中的高活性激酶,将其作为药物靶点。因此SH2超亲体在肿瘤疾病诊断和治疗上有着广阔的应用前景。然而,最近研究表明SH2超亲体也能够结合硫酸化修饰酪氨酸(s Tyr)。而s Tyr和p Tyr具有相近的分子量,且理化性质相似,导致难以区分。因此,有必要开发新型针对p Tyr高特异性结合的SH2超亲体。本研究使用噬菌体展示技术构建Fyn-SH2噬菌体展示文库(包含了大于10~9个SH2突变体),用特定p Tyr肽段进行多轮的亲和淘选,发现了能够富集p Tyr的亲和突变体。研究包括使用phage-ELISA技术鉴定与p Tyr肽段结合的阳性克隆并测序确定其DNA序列;在蛋白质水平上测定突变体与不同p Tyr肽段和s Tyr肽段的结合强度和特异性。最终获得了对p Tyr高特异性的SH2超亲体,命名为突变体3(即V3)。论文主要包括三个部分。第一个部分是Fyn-SH2噬菌体展示文库构建和对文库高通量测序(NGS)质检。内容包括:构建Fyn-SH2野生型噬菌体展示载体,制备Fyn-SH2噬菌体后通过phage-ELISA检验展示系统,以Fyn-SH2野生型为模板随机突变8个氨基酸位点(K15、E37、T38、T39、A42、S44、K59、K62),构建噬菌体展示突变文库。通过NGS测定文库评估文库质量,结果表明构建文库与设计存在一定偏差,但突变分布无极端情况。第二部分是噬菌体展示突变文库的淘选与单克隆鉴定。使用肽段p Y(EPQp YEEIPIYL)作为靶标,采用固相淘选方法进行淘选。Phage pool ELISA数据表明经过四轮淘选,阳性克隆在三、四轮得到富集。从三、四轮中分离单克隆,使用phage-ELISA鉴定出25个独特的阳性克隆。第三部分是SH2超亲体的鉴定。首先使用EC50实验初步区分阳性单克隆与p Y的相互作用大小,EC50小于200 n M的V3、V10、V13、V17、V24突变体通过荧光偏振测定其与p Y的KD值,分别为38 n M、32 n M、12 n M、84 n M和23n M。为了确定以上5个突变体是否针对单个磷酸化酪氨酸位点(p Tyr)提高的亲和力,测定了5个突变体与肽段GGp YGG的KD。V3、V13、V24同GGp YGG分别拥有1.627μM、0.62μM和2.57μM的KD值,数据表明这些突变体针对p Tyr增强了亲和力。通过生物膜干涉(BLI)实验进一步研究这些突变体亲和力提高的动力学特征,数据表明,高亲和力的突变体普遍拥有较低的解离速率。最后,通过protein-ELISA实验测定V3、V13的特异性,结果表明V3对p Y有着高度的特异性,因此V3是新一代的SH2超亲体。
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