1996年《刑事诉讼法》的修改让“疑罪从无”上升为疑罪案件处理的正式法律依据,但近年来法院对疑罪案件的裁判出现了疑罪从有、疑罪从轻、疑罪从挂等异化形式,李怀亮故意杀人案、陈传钧抢劫案、念斌投放危险物质案中都存在此类裁判结果。由于案件中被告人的有罪供述都存在翻供情形,且与其他证据存在矛盾,综合全案证据无法达到认定被告人犯罪的证明标准,不能充分得出指控犯罪事实的唯一结论,所以一审法院应当作出疑罪从无判决。但所撷取案例的一审法院受到被害人及其家属施压、社会舆论干预以及有罪推定思想的消极影响,作出了从有或从轻判决。这于被告人而言,人权遭受严重侵害;于国家而言,裁判公信力受到质疑。案件上诉至二审法院,法院一味地作出发回重审裁定,甚至发回后上诉,法院又再次发回重审。此类裁判受到发回重审实体性事由法律规定不明确的影响,也是二审法院为了规避改判风险所做出的被迫选择。但此类裁判有悖于疑罪从无原则和诉讼效益原则,削弱了二审程序的纠错功能,所以不具备合理性。疑罪案件历经重重障碍作出了无罪判决,但该判决作出甚至生效后,检察机关可以根据新事实、新证据对已获得无罪判决的被告人重新起诉。虽然检察机关的追诉权被法律所认可,但滥用这一权力会使被告人人权再次遭受侵犯,并威胁判决的稳定性和司法权威,从而不具备合理性。对此可以通过明确对新证据的认定标准和限制重新起诉的次数对追诉行为予以合理规制。