本研究于2005～2007年间,对四川都江堰的川芎,雅安天全二郎山的川牛膝,德阳中江的丹参、芍药等重要药材的病害进行了调查,并对川牛膝黑根病进行了初步诊断,分离鉴定了川芎、川牛膝的内生、附生真菌。针对危害严重的川芎根腐病进行了病原鉴定、生物防治和化学防治等研究。经调查川芎病害主要有根腐病、炭疽病、灰霉病、叶枯病、白粉病、病毒病和菌核病等7种,其中根腐病危害最大,发生最严重;川牛膝有5种病害,即白锈病、褐斑病、炭疽病、根结线虫病和黑根病;丹参有6种病害,即丹参根腐病、白绢病、叶枯病、根结线虫病、病毒病和丹参菟丝子等。还有3种芍药病害,芍药轮纹病、灰霉病和白粉病。从30个川芎样品中共分离鉴定出4种内生真菌,9种附生真菌,内生真菌以镰孢属和木霉属为主,附生真菌中木霉、镰刀菌和毛霉为主,内生、附生真菌以木霉和镰刀菌为主要种群。川牛膝根部内生真菌,1年生病根种类少,只有镰刀菌和黑孢霉,1年生健根分离到5种真菌,分别是木霉属、腐霉属、丝核菌、曲霉和黑孢霉,共有的真菌是黑孢霉;2年生病根和健根都分离得到了4个属的真菌,病根内生真菌中,镰刀菌和黑孢霉出现的频率比较高,镰刀菌为44.4%,黑孢霉为38.7%,还分离得到了少量的木霉、链格孢;健根中分离频率最高的是曲霉属,达到了83.4%;另外,枝孢霉属、黑孢霉和茎点霉真菌也偶见。在病根和健根中都出现的真菌种类是黑孢霉;3年生病根中分离得到12个属,而健根中仅分离到5个属,共同出现的真菌种类是镰刀菌、曲霉、青霉、枝孢霉和黑孢霉属真菌。川牛膝根部附生真菌分离结果表明,1年生病根附生真菌分离得到10个类群,其中以镰刀菌和木霉为主,镰刀菌的分离频度最大为51.9%,1年生健根分离得到的真菌只有3个属,分别是曲霉、柱孢属和丝核菌。1年生病健根中都出现的真菌是柱孢属和丝核菌两类;2年生病根分离得到7种真菌,分别是镰刀菌、柱孢属、毛霉属、丝核菌、黑孢霉、茎点霉和链格孢,以镰刀菌最多。2年生健根共得到5种附生真菌,镰刀菌的分离频度最大为33.3%;3年生病根附生真菌的种类丰富,共有14种,镰刀菌最多,3年生健根分离得到5中附生真菌。病健根共有的真菌是镰刀菌、青霉和黑孢霉。经分离鉴定,川芎根腐病的病原菌是茄腐皮镰刀菌[Fusarium solani（Mart）Sacc]。从川牛膝黑根病1、2、3年生病根中分离得到了3种共有的真菌种类,分别是黑孢霉、镰刀菌和柱孢属真菌,回接健康植株,无发病症状,通过综合分析,初步诊断黑根病不属于侵染性病害。对峙培养结果表明,所试40个木霉菌株对茄腐皮镰刀菌都有不同程度的抑制作用,只有1株没有抑制作用,其中T131-21的抑制效果最好。供试的细菌对病原菌的抑制效果不明显,生防意义不大。木霉生长速度测定结果表明,多数菌株生长迅速,为空间和营养资源的强竞争者。非挥发性代谢产物的拮抗试验中,菌株T131-2,T150-17的抑制率（63.82%）极显著高于其他菌株。生防盆栽试验结果表明,每种预定处理方案对川芎根腐病都有一定的防治效果,处理E（先接生防菌后接病原菌与生防菌）的防治效果最好。选择了6种杀菌剂进行药剂试验,采用含药平板法测定它们对茄腐皮镰刀菌菌丝生长的抑制作用,并测定了抑菌中量(EC₅₀)。结果表明,6种杀菌剂对川芎根腐病的菌丝生长均有抑制作用,一品甲托最好,其次是百菌清、根腐灵、代森锰锌和多菌灵,治根神医最弱。盆栽试验结果也表明一品甲托的防治效果较好,与室内药剂筛选结果一致。