红叶螨Tetranychus pueraricola是蜱螨亚纲中的一种重要的经济害虫。之前的研究表明,红叶螨是一种高度杂食性的害虫。近期,我们发现红叶螨广泛分布于中国的大部分地区的不同寄主上。然而,对于红叶螨自然种群的分布以及其自然种群遗传结构还缺乏相关研究。较早研究表明,对于物种的种群遗传研究基于多种分子标记来实现,其中包括微卫星、单拷贝核基因以及mtDNA等。而内共生菌通常在无脊椎动物广泛分布,特别是在节肢动物中。Wolbachia是一种在节肢动物以及线虫中存在的胞内共生菌。另外由于Wolbachia能够调控其宿主的生殖,Wolbachia也被认为在对宿主的种群遗传多样性方面起到重要的作用。越来越多的研究表明,Wolbachia能够影响其宿主的进化历史以及种群结构。因此,对Wolbachia在自然宿主的感染情况的研究,对于推动宿主的进化以及生物防治害虫等方面来说都能够提供一定的基础。为了更好地了解中国红叶螨种群遗传结构,本研究通过对12个地理种群的红叶螨中宿主线粒体COI序列变异来分析其遗传多样性。研究对397头红叶螨mtDNA的COI序列进行分析,共发现16个单倍型,35个多态性位点。Fst结果显示除了 YY-GY种群(0.00000)以外,其余各地理种群两两之间都呈现显著差异。同时,AMOVA结果表明对于红叶螨mtDNA-COI来说其变异主要来源于种群间,大约占总变异的85.38%,说明其种群间具有较大的变异程度。本研究中,通过对Wolbachia表面蛋白基因(wsp)和多位点序列分型(MLST)数据分析,检测了红叶螨自然种群中Wolbachia的感染情况。结果表明,12个红叶螨自然种群中Wolbachia的感染率为2.8%-50%,并且其感染三种B大组的Wolbachia株系(wTpue1、wTpue2以及wTpue3)。同时还发现Wolbachia的双重感染现象(wTpue1以及wTpue3)。在红叶螨中,感染wTpue1能够引起较弱的胞质不亲和(CI)现象,而感染wTpue3并不能产生CI现象。我们发现,wTpue1以及wTpue3的亲缘关系较远,因此认为不同的CI水平可能是由于Wolbachia不同株系的特异性结果。由于不同Wolbachia株系对其寄主的生殖调控作用可能是不同的,因此不同株系的Wolbachia对寄主生态以及进化方面也会有不同作用。研究中通过对感染Wolbachia的12个地理种群的红叶螨进一步的分析,发现感染个体的线粒体单倍型多样性以及核苷酸多样性均不低于不感染个体,在核基因中也得到相似结果。并且通过单倍型网络系统和分子变异模型(AMOVA)的分析,表明线粒体受Wolbachia的影响较小。继而,研究还分析了不同地理因素对中国红叶螨自然种群的进化影响,结果表明与Wolbachia的影响相比,地理因素对红叶螨自然种群的进化影响更大。