多基因功能及其效应的研究历来是遗传学研究的热点和难点。鉴于分子遗传学、数量遗传学以及其他相关学科如生物化学、细胞生物学、分子生物学、应用数学、计算机等等学科的发展。目前，主要有两类分析多基因功能和效应的方法，一类是传统群体遗传学结合分子遗传标记的方法即分子数量遗传学方法，另一种是基于海量分子生物学技术而出现的生物信息学分析方法。 现在，已经有许多关于QTL(数量性状基因座位)参数估计的方法来估计控制数量功能性状的主基因功能效应。其中主要的方法有均值-方差分析法、矩法-最大似然法、回归方法等。然而，从系统的观点和分子调控网络的观点来看，这些方法还具有较大的发展空间。在关于分子网络分析的生物信息学分析方法中，由于分子调控网络可以用图的方式来解释分子之间的相互关系和功能，很多学者试图用图论的方法来分析分子调控网络，并将之与计算机自动化分析相结合，因此，目前对分子调控网络的图论分析是一个引人注目的方法。然而，由于分子网络的复杂性，在众多图论分析中，还没有一种成熟的分析方法。 针对上述两点，本研究分为两篇，上篇发展了一种估计控制数量性状的基因作用和类型的方法，并用数学推导的方法和计算机模拟的方法证明了所提方法的有效性。下篇为分子调控网络建立了一个图论数学模型，提出了简便的分子网络图论分析方法，并运用网上公布的海量数据来对FOXO相关的分子调控网络进行了研究。 上篇 估计控制数量性状的基因作用和类型的方法是： 在动物生长发育过程中的某个时间横截面上，运用分子标记技术得到尽量多的有关调控基因标记的多态性资料，运用分子生物学技术对所要考察的基因表达或性状指标进行测定，并做好记录。将标记的在电泳时表现的三种状态：隐性纯合(mm)、杂合(Mm)及显性纯合(MM)分别量化为“-1”、“0”和“1”。将标记看作因素，出现状态看作水平，将符合正交表的调控基因分子标记数量化资料填入对应的正交表中，同时亦将对应分子标记组合、对应时间横截面上所考察的基因表达指标的数据资料填入正交表中。将正交表中分子标记的数量化资料作为自变量，考察基因表达指标的数据资料作为依变量，运用最小二乘原理对动物生长发育过程中的资料，在不同时