成人重症社区获得性肺炎病原学及预后因素分析

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研究背景和研究目的:社区获得性肺炎(CAP)是最常见的呼吸系统疾病之一,大部分CAP预后良好。少数患者由于高龄或者合并基础疾病可发展为重症肺炎,重症社区获得性肺炎(SCAP)如不及时诊治则具有极高的病死率。早期进行病原学诊断对SCAP的诊治及预后具有重要意义。二代测序(NGS)是近年来新兴的病原体检测方法,具有覆盖病原体广,耗时短,检测敏感等优点。本研究目的是了解中国医科大学附属第一医院成人重症社区获得性肺炎病原学构成,比较NGS与传统病原学检测方法的病原体检出情况,并分析影响患者预后的相关因素。研究方法:根据入排标准,收集2018年10月-2021年1月在中国医科大学附属第一医院急诊或住院的重症社区获得性肺炎患者。SCAP按照美国传染病学会/美国胸科学会及中国胸科学会(IDSA/ATS,CTS2016)重症社区获得性肺炎诊断标准诊断。所有患者均签署知情同意书,在入院24小时内留取静脉血10ml(其中5ml分离血清,5ml抗凝),将血清2ml及下呼吸道分泌物5ml送至华大基因行NGS检测,留取患者清洁中段尿10ml,进行军团菌及肺炎链球菌尿抗原检测。同时完善患者下呼吸道分泌物培养、血培养、血清军团菌、肺炎支原体抗体检测。部分患者留取咽拭子送至疾控中心行聚合酶链式反应(PCR)检测。通过多种病原学检测手段了解中国医科大学附属第一医院就诊的SCAP患者病原构成,通过随访患者30天后的生存状态,评估SCAP患者预后情况,分析影响预后的相关因素。研究结果:本研究共纳入46例SCAP患者,男性31例(67.39%),平均年龄57.45±15.44岁,女性15例(32.61%),平均年龄56.40±11.49岁,合并基础疾病患者31例(67.39%),其中20例(64.52%)合并两种及两种以上基础疾病。46例患者采用NGS检测联合传统病原学检测方法(血培养、痰培养、血清军团菌、支原体抗体等),共有36例患者(78.26%)检出病原体,11例为混合感染,其中细菌32例(56.14%),包括肺炎克雷伯菌8例、金黄色葡萄球菌5例、鲍曼不动杆菌4例、屎肠球菌4例、肺炎链球菌3例、铜绿假单胞菌3例、脓肿诺卡菌1例、粪肠球菌1例、大肠埃希菌1例、嗜麦芽窄食单胞菌1例、阴沟肠杆菌1例;病毒5例(8.77%),为甲型H1N1流感病毒4例、腺病毒1例;真菌5例(8.77%),为耶氏肺孢子菌3例、毛霉菌1例,白色念珠菌1例;非典型病原体3例(5.26%),均为嗜肺军团菌感染;结核分枝杆菌2例(3.51%)。比较不同病原学检测方法的病原体检出率发现下呼吸道分泌物NGS病原体检出率最高(63.04%),其次是下呼吸道分泌物培养(28.26%)。累计生存曲线看到,在确诊SCAP的1~10天,检出病原体组患者的生存率明显高于未检出病原体组,之后仍有高于未检出病原体组,但30天时两组生存率无显著差异(P>0.05)。单因素预后分析提示机械通气、合并两种或两种以上基础疾病、血尿素氮升高及血乳酸升高、CURB-65评分≥3分是患者预后不良的相关因素(P<0.05),但多因素logistic回归结果提示只有血乳酸升高(P<0.05)(95%CI:0.000-0.886)、CURB-65评分≥3分(P<0.05)(95%CI:0.004-0.959)是患者预后不良的相关因素。结论:1、采用NGS联合传统病原学检测方法可以使成人SCAP病原体检出率达78.26%,其中下呼吸分泌物NGS的阳性检出率高于下呼吸道分泌物培养;2、我院成人SCAP感染的主要病原体依次是细菌(56.14%),其次为病毒和真菌(均为8.77%)和及非典型病原体(5.26%);其中混合感染占30.56%。3、CURB-65评分≥3分、血乳酸值升高是成人SCAP患者预后不良的独立危险因素。
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