手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)是由的多种肠道病毒引起的全球范围的传染病，易发生于5岁以下儿童，多数患者症状轻微，约10-14天自愈。少数患儿可引起无菌性脑膜脑炎、脑炎、迟缓性瘫痪、肺水肿、心肌炎等并发症，个别重症患儿死亡。近年来，手足口病疫情在亚太地区不断暴发，在我国出现多次大范围流行,对我国人民尤其是儿童的健康造成了严重威胁。2008年5月2日，卫生部已将手足口病列入传染病防治法规定的丙类传染病进行管理，手足口病发病数已位居丙类传染病之首。今后一段时间疫情可能进一步扩大，防控的形势仍十分严峻，目前尚无特异的治疗方法，特异的疫苗和抗病毒药物。因此，有关手足口病的临床特征及病毒生物学特性、致病机理、诊断和预防等的研究日益受到人们的关注。引发手足口病的肠道病毒有20多种（型），肠道病毒71型，柯萨奇病毒A组的16、4、5、9、10型，B组的2、5型，以及埃可病毒等。其中以肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CA16）最常见。EV71与CA16感染交替或同时出现，成为引起手足口病流行的主要病原体。手足口病流行的病原体20世纪70年代前，主要为CA16，而20世纪90年代后期，肠道病毒71型(EV71)已成为导致手足口病的主要病因，我国很多省份和地区均报道过手足口病的流行和分子生物学特征，然而东北地区报道很少。为进一步阐明东北地区手足口病的临床特征和肠道病毒71型的分子生物学特征，我们收集吉林大学第一医院近几年收治的手足口病患者的临床信息，采集2010年部分手足口病患儿的咽拭子鉴定病毒分型，然后根据患儿病情轻重选择7株EV71毒株进行基因组全长测序、序列比对、系统进化及基因重组等分子生物学分析。季节高峰长春地区的手足口病例数在5月份开始增加，7月至9月达到高峰，10月份开始回落；男性患者多于女性；农村患者多于城市；5岁以内患者占绝大多数，其中1-2岁儿童比例最高；一岁以内患者从三个月龄发病开始上升。三年中吉大一院共有17例患儿死于手足口病，平均年龄1.41岁（从6个月到三岁）；患者平均住院天数仅为1.4天，多数患者入院24小时内死亡，所有人都有神经系统症状；其中9例的患者进行了实验室病毒检测，均为EV71病毒感染。用real-time PCR法鉴定手足口病感染者的常见三个病毒类型，EV71、CA16和肠道病毒通用U阳性。长春HFMD的爆发主要由EV71引起(42.8%), CA16和通用阳性比例相当(各占28.6%)， EV71感染者,中枢神经系统并发症多且重，两例死亡。CA16感染者症状轻微，中枢神经系统并发症较少，无死亡病例。非EV71，非CA16的通用病毒阳性患者神经系统并发症介于EV71和CA16之间，伴有呼吸系统并发症（肺炎、支气管炎、肺水肿）多于EV71和CA16患者，1例患者病情较重。通用阳性肠道病毒在流行中也发挥了重要左右，其具体病毒型尚未鉴定。我们选取了轻重不同患者体内分离的EV71进行基因组全长测序，与GenBank中的EV71参考毒株进行基因亲缘性关系比较，证实实验获得的7株EV71均为C4基因型，与中国内地流行的基因型基本一致。进一步进行基因重组分析，长春七株EV71病毒是EV71型内和肠道病毒A型间的重组病毒。这些长春EV71病毒基因重组包含CA4, CA5, EV71B4和EV71C1毒株的重组。大部分的结构蛋白P1区，为肠道病毒EV71C1原型株重组，非结构蛋白区(P2和P3)在不同区域与CA4, CA5和EV71B4的原型株有很高的相似性。5’UTR区未见明显的重组，而3D区的一部分表现出与CA16有较高的相似性。对轻重不同的病毒株的全基因组和部分基因的与中国大陆其他省份和地区的EV71病毒株系统进化分析，在所有系统进化树中，长春株总是形成一个分支，表明长春7株来自于共同的祖先。七株病毒全基因组序列比对，无特殊的变异位点，病毒的基因序列与毒力无相关性。因此，我们发现了中国长春地区流行的EV71为重组病毒株，而且在进化树上形成一簇，对于疫苗的开发和疾病的预防具有重要意义。