【摘 要】
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已经进行了多年的密码子研究主要集中在自养生物中,对于寄生生物研究较少,这些研究较少涉及到病毒基因组的研究或者不同病毒的比较研究.目前有证据表明病毒本身密码子的偏向
【出 处】
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中国预防医学科学院 中国疾病预防控制中心
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已经进行了多年的密码子研究主要集中在自养生物中,对于寄生生物研究较少,这些研究较少涉及到病毒基因组的研究或者不同病毒的比较研究.目前有证据表明病毒本身密码子的偏向性可能是制约病毒基因表达的重要因素,因此对病毒及其宿主细胞的密码子使用特点进行研究,有利于阐明病毒与宿主相互作用的机理和更好地发挥病毒载体的优势.病毒的基因组较小,多数序列已经测定,可以从基因组的角度分析病毒的密码子使用频率,也可以对不同病毒的密码子使用频率进行比较研究.因此我们选择8种具有代表性的病毒,其中DNA病毒4种;痘苗病毒在胞浆复制,腺病毒在胞核复制,HPV和HBV为人肿瘤相关病毒,HBV具有逆转录过程;RNA病毒4种：流感和麻疹分别为分节段和不分节段的负链RNA病毒,Hantaan和HIV分别为分节段和不分节段的正链RNA病毒.这些病毒中,一些为裂解细胞性感染（痘苗病毒、腺病毒、麻疹和流感）,另一些为非/弱裂解细胞性感染（HPV、HBV、Hantaan和HIV）.从GenBank及SWISS-PROT数据库检索这些病毒的基因序列和CDS,采用Nc值,D-Square值、卡方统计和CA分析的方法从基因组的角度对这些病毒基因的密码子使用频率进行了种内和种间的比较分析.一 DNA病毒的密码子使用特点;二 RNA病毒的密码子使用特点;三 病毒密码子使用策略;四 密码子改造对HIV nef基因在痘苗系统中表达的影响.
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