【摘 要】
：
体色是鱼类形态多样性的特征之一,其在鱼类生长发育过程中的变化规律越来越引起人们的关注。拥有鲜红体色的豹纹鳃棘鲈深受到市场的欢迎,然而,在人工养殖过程中,豹纹鳃棘鲈幼鱼体色出现由红变黑的现象,进而造成大量的经济损失。因此,研究其“体色变化”现象的分子调控机制,不仅有助于提高我们对鱼类体色遗传的认识,同时为解决豹纹鳃棘鲈产业问题提供基础资料。本研究首先使用RNA-Seq技术对豹纹鳃棘鲈幼鱼进行了转录组
论文部分内容阅读
体色是鱼类形态多样性的特征之一,其在鱼类生长发育过程中的变化规律越来越引起人们的关注。拥有鲜红体色的豹纹鳃棘鲈深受到市场的欢迎,然而,在人工养殖过程中,豹纹鳃棘鲈幼鱼体色出现由红变黑的现象,进而造成大量的经济损失。因此,研究其“体色变化”现象的分子调控机制,不仅有助于提高我们对鱼类体色遗传的认识,同时为解决豹纹鳃棘鲈产业问题提供基础资料。本研究首先使用RNA-Seq技术对豹纹鳃棘鲈幼鱼进行了转录组测序,比较红色和黑色皮肤组织转录组中基因表达水平,筛选差异表达基因,挖掘与体色相关的基因和通路,并通过RT-q PCR验证相关基因在两种皮肤组织表达水平。随后,挑选黑色素生成相关基因（ednrb、mc1r、sox10、tyrl、tyrp1和wnt5a）,基于豹纹鳃棘鲈基因组的序列信息,对这些基因的氨基酸ORF序列进行分析,并运用RT-q PCR检测它们在红色和黑色豹纹鳃棘鲈幼鱼皮肤中的表达。主要研究实验结果:1.使用RNA-Seq技术对红色和黑色豹纹鳃棘鲈幼鱼皮肤进行转录组测序,一共测了106.56 Gb数据。经过组装并去冗余后得到156,102个All-Unigene,平均长度、总长度、N50、GC含量分别为1,550 bp、241,959,840 bp、3,275 bp、45.72%。然后将All-Unigene比对到七大功能数据库进行注释,最终分别有93,383（NR:59.82%）、83,083（NT:53.22%）、80,627（Swiss Prot:51.65%）、82,007（KEGG:52.53%）、73,896（COG:47.34%）、72,874（Pfam:46.68%）、21,340（GO:13.67%）个All-Unigene获得功能注释。使用Transdecoder软件预测出78,839个CDS。同时使用MISA软件检测出59,876个SSR分布于35,258个All-Unigene中,以及预测出19,887个编码转录因子的All-Unigene。2.分析红色和黑色豹纹鳃棘鲈幼鱼皮肤转录组中基因表达,筛选出25,862个差异表达All-Unigene,体色关键基因如tyrp1、slc45a2、xdh、slc24a5、tyrl、hps5、pomc和pmel等被注释。通过KEGG Pathway富集分析,发现酪氨酸代谢、MAPK、Wnt和黑色素生成等通路参与了体色变化的调控。筛选出13个差异表达基因进行RT-q PCR验证。th、erk2、tyrp1、plcb1、map2k2、creb3l3、slc45a2、xdh、slc24a5、tyrl、hps5、hes1-b和trpm7的RT-q PCR与RNA-Seq表达趋势一致,表明实验结果较可靠。3.与其它硬骨鱼类相比,豹纹鳃棘鲈的tyrl基因分化程度较高,而ednrb、mc1r、sox10、tyrp1和wnt5a分化程度较低。在豹纹鳃棘鲈红色和黑色皮肤之间,ednrb、mc1r、sox10和wnt5a基因的表达没有显著差异。而黑色皮肤与红色皮肤相比,tyrl和tyrp1基因m RNA表达显著上调,说明tyrl和tyrp1参与豹纹鳃棘鲈幼鱼体色由红变黑的调控。
其他文献
目前癌症依然是全球死亡率最高的疾病之一,并且有逐年增长的趋势。光学疗法是一种新兴的非侵入性、副作用小且靶向性好的癌症治疗手段,一般包括光热治疗（PTT）和光动力治疗（PDT）。然而光的组织穿透深度有限,对于深部的肿瘤细胞难以造成致命伤害。而放射治疗（RT）用到的X射线具有较强的组织穿透能力,因此光学治疗和RT的联合可以解决光穿透性差的问题,其次也能够降低彻底消除肿瘤所需的辐射剂量,减少副作用。利用
背景:子宫内膜异位症是一种对女性的身心健康和生活质量都有严重危害的妇科疾病,目前其发病原因尚不明确。越来越多研究表明,炎症对内异症的发展有着重要的促进作用。自噬是一种组成型分解代谢途径,参与多种病理生理过程,近年研究显示,一些自噬相关蛋白及基因在内异症患者中表达异常,提示自噬与内异症发病密切相关。脂氧素（LXA4）是一种花生四烯酸代谢产物,在炎症反应中发挥重要作用。我们前期研究证实了 LXA4可以
本研究将具有一定抗痛风、抗炎活性的芹菜素作为配体,稀土金属钐离子作为配位中心,设计并合成芹菜素-钐配合物（Ap-Sm）。利用UV、IR、~1H-NMR、电导法及TG-DTA等方法对芹菜素-钐配合物的进行结构表征,并初步考察其抗痛风性关节炎活性、抗炎机制及毒性,这对于开发高效低毒的新型芹菜素类抗痛风性关节炎药物具有重要的理论意义及现实意义。具体研究内容及结果如下:合成工艺考察。本研究以芹菜素-钐配合
目的以往研究显示HIV感染与肠道菌群失调有关,菌群代谢物是介导菌群作用于机体的介质,但肠道菌群、菌群代谢物与HIV感染三者之间的相关性尚未被阐明。本研究通过对不同艾滋病疾病阶段病人的粪便样本进行肠道菌群16s rDNA测序和代谢物检测,分析菌群和代谢物在不同艾滋病疾病阶段的变化,并对肠道菌群、代谢物与不同HIV感染阶段三者进行相关性分析,探索肠道菌群及其代谢物在HIV感染进展中的作用,为优化治疗效
目的:对于急性大脑中动脉供血区脑梗死患者,FLAIR血管高信号征（FVH）可用于预测治疗风险及评估早期预后,并协助筛选符合静脉溶栓治疗的患者。本研究的目的就是分析和探讨FVH与急性脑梗死患者静脉溶栓治疗短期疗效之间的联系。方法:回顾性分析从2018年1月至2019年9月在我院神经内科住院并接受静脉rt-PA溶栓治疗的急性大脑中动脉脑梗死患者51例。所有患者均在入院24小时内完成首次颅脑MRI常规序
研究背景和目的梅毒在全球的发病率高,其致病机制仍然不清。固有免疫细胞的主要组成者单核细胞在微生物的感染过程中发挥着重要作用。本研究通过分析梅毒患者单核细胞亚群分布情况及梅毒螺旋体对单核细胞功能的影响,初步探究梅毒螺旋体的致病机制。研究方法本研究采用流式细胞术检测梅毒患者和健康对照者单核细胞亚群、THP-1细胞CD14、CD16和炎症因子的表达情况;聚合酶链反应检测THP-1细胞炎症因子基因的表达;
灵芝酸是从灵芝中分离得到的一类四环三萜化合物,具有广泛的生物活性。然而灵芝酸在灵芝中含量极低,提取困难、市场价格高,这些问题限制了对其生物活性的深入研究。因此,通过化学合成的方法构建灵芝酸类似物并对其进行结构优化,获得相关疾病的候选化合物,对于该类物质的新药研发具有重要意义。针对抗骨质疏松,研究表明,灵芝酸DM及灵芝酸F等具有较好的抗骨质疏松活性,但含量稀少,难以进行深入研究。我们从实验室自有化合
目的:总结人类免疫缺陷病毒（HIV）阴性宿主马尔尼菲篮状菌病（TSM）继发噬血细胞综合征（HPS）的临床特点,提高临床医生对该合并症的认识,降低误诊和漏诊发生率。方法:回顾性分析多中心在2012年8月至2019年2月收治的126例HIV阴性宿主马尔尼菲篮状菌病患者病例资料,其中9例TSM继发HPS,分析他们的临床表现、治疗及转归。结果:9例患者中,男7例,女2例,中位年龄2岁（1～41）岁,其中有
[背景]子宫内膜异位症（内异症、EM）是育龄妇女常见难治病,患者中约有40%～50%会出现不孕症状,但其机制尚未明确。已有研究提示患者的子宫内膜容受性受损。容受性是指在植入窗口期子宫内膜允许胚胎的粘附、侵袭、植入的生物学过程状态。长链非编码RNA（lncRNA）已被证明参与子宫内膜容受性形成。但目前缺乏lncRNA与EM患者内膜容受性形成的相关报道。[目的]探索lncRNA1 10289在EM患者
第一部分NEK2蛋白的制备目的:通过原核表达系统表达人NEK2蛋白,并对蛋白表达条件进行优化,纯化NEK2蛋白。方法:1.从人HL7702细胞中提取Total RNA,逆转录成cDNA后,以cDNA为模板通过PCR扩增NEK2基因,将NEK2全长基因连接到pET30a（+）质粒上,构建pET30a（+）-NEK2载体。通过对单克隆菌的菌液进行PCR反应,对pET30a（+）-NEK2重组质粒进行B