【摘 要】
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研究背景:下呼吸道感染（Lower respiratory tract infections,LRTI）是全球常见的感染性疾病,其病原学构成复杂多样,发病率与死亡率都较高,尤其是对于免疫功能低下的人群。随着现代科学技术的持续发展,对恶性肿瘤的放化疗、免疫抑制剂、糖皮质激素及抗生素的广泛使用,此类人群呈增加趋势。包括特殊病原体、复杂性感染、多重耐药菌感染在内的LRTI对临床医生提出了更高的要求。疾病
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研究背景:下呼吸道感染（Lower respiratory tract infections,LRTI）是全球常见的感染性疾病,其病原学构成复杂多样,发病率与死亡率都较高,尤其是对于免疫功能低下的人群。随着现代科学技术的持续发展,对恶性肿瘤的放化疗、免疫抑制剂、糖皮质激素及抗生素的广泛使用,此类人群呈增加趋势。包括特殊病原体、复杂性感染、多重耐药菌感染在内的LRTI对临床医生提出了更高的要求。疾病早期快速、精准的诊断与针对性治疗显得尤为重要。然而临床上常用的传统病原学检测手段如分离、培养,耗时长,阳性率低,特别是对于某些特殊微生物感染及新发病原体的检测存在一定的局限性,已不能很好的满足当前对于LRTI的诊治。与传统检测方法不同,宏基因组二代测序技术（metagenomics next-generation sequencing,mNGS）耗时短、通量高,具有全面而无偏倚性检测的特点,为LRTI的病原学诊断带来了新的尝试,但也存在许多问题,其应用价值尚需进一步探讨。目的:（1）比较mNGS与传统病原学检测方法对LRTI病原学诊断的差异;（2）探讨mNGS在LRTI的诊断与治疗中的应用价值。方法:采用回顾性分析方法,收集2019年5月-2021年2月于南昌大学第二附属医院呼吸内科住院治疗的疑似LRTI患者的一般临床资料（姓名、性别、年龄）、基础病史、主要临床表现、胸部影像学检查、实验室检查结果（白细胞计数、C反应蛋白、降钙素原、GM试验、G试验）、其他辅助检查（痰涂片,痰、血、肺泡灌洗液培养,抗体检测和核酸检测等）、mNGS检测结果、抗感染治疗方案、疾病转归及最终临床诊断。根据纳排标准,最终纳入114例LRTI患者和17例非肺部感染患者,运用SPSS25.0软件,通过Mc Nemar检验、Kappa检验、fisher精确检验、非参数检验等进行相关统计学分析。结果:（1）在感染和非感染患者中,mNGS的病原微生物检出率无明显差异（91.23%VS94.12%,P=1.000>0.05）,mNGS无法区分肺部感染性和非感染性疾病。（2）mNGS的病原微生物检出率明显高于传统检测法（91.60%VS46.56%,P<0.01）,但两者的一致性较差（Kappa<0.4）。（3）mNGS对细菌、真菌、病毒、非典型病原体的检出率均高于传统检测方法（51.91%VS19.08%、32.06%VS15.27%、37.40%VS0.76%、10.69%VS00.00%,P<0.05）,且两者检出的真菌与临床诊断的一致性都较高（50.00%VS60.00%,P=0.461>0.05）,联合检测能提高真菌感染的临床诊治水平。（4）mNGS对于分枝杆菌感染的检出率与传统检测相比无明显差异（22.90%VS16.03%,P=0.160>0.05）,但两者与临床诊断的一致性都较高（83.33%VS100.00%,P=0.069>0.05）,联合检测能提高分枝杆菌感染的临床诊治水平。（5）mNGS和传统检测方法检出的病原微生物与临床诊断的一致性无明显差异（58.33%VS70.00%,P=0.128>0.05）。（6）35.14%（26/74）的非分枝杆菌感染患者根据mNGS调整了抗感染治疗方案,36.11%（13/36）的患者根据传统检测调整了方案（P=0.920>0.05）,两组的有效调整患者分别为53.85%和76.92%（P=0.295>0.05）,mNGS和传统检测对于指导治疗和改善疾病转归无明显差异。（7）根据mNGS调整抗感染治疗方案后抗生素的使用强度较前增加（P=0.020<0.05）。结论:（1）mNGS对LRTI病原微生物的检出率整体高于传统检测方法,在病毒、非典型病原体及少见病原体的检测中显现出更独特的优势。（2）mNGS联合传统检测能提高分枝杆菌和真菌的临床诊治水平。（3）mNGS无法区分肺部感染性和非感染性疾病,在指导常见病原体感染的诊治方面无明显优势,不正确甄别mNGS的检测结果可能导致抗生素滥用。
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