目的比较宏基因组测序与传统标准联合病原学检测在呼吸道感染病原体诊断上的优效性,全面评估其临床应用价值。方法选取2018年8月至12月期间就诊于浙江大学医学院附属邵逸夫医院、浙江大学医学院附属第一医院、浙江省人民医院、浙江省中医院、杭州市第一人民医院、浙江大学医学院附属儿童医院共6家三甲医院的临床诊断肺部感染患者,收集其肺泡灌洗液行传统标准联合病原学检测,并同时送检宏基因组测序。结果本研究共纳入96例患者,其中通过标准联合病原学检测诊断42例,包括11例细菌,12例真菌,2例巨细胞病毒,8例结核分枝杆菌以及9例混合病原体感染;通过宏基因组测序诊断45例,包括15例细菌,4例真菌,3例巨细胞病毒,1例结核分枝杆菌,3例非结核分枝杆菌以及19例混合病原体感染。宏基因组测序对于细菌感染、混合感染、病毒感染以及肺孢子菌感染明显具有更高的检出率,且仅可经由宏基因组测序诊断病原体的病例也相较于传统方式更多,尤其对于传统方式检测困难的病原体诊断以及检测前已经验性使用广谱抗生素的病例。结论宏基因组测序可以作为传统标准联合病原学检测的有效补充,进一步提高呼吸道感染病原体诊断效率。