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下呼吸道感染发病率、死亡率高,是世界公认的最常见感染性疾病其临床危害性巨大。世界范围内,抗感染治疗领域存在病原学诊断能力不足、新发传染病频发、耐药微生物愈演愈烈等突出问题。病原学精准诊断是解决上述问题的关键。近年来,基于宏基因组二代测序技术作为新型微生物检测方法,扩展了我们对肺部微生物组的认识,同时也更新了肺部感染性疾病的诊断策略。本文拟就宏基因组二代测序技术在下呼吸道感染疾病中的研究现状及应用前景进行综述。