【摘 要】
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目的:通过与常规病原学检测方法相比较,评价支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing,mNGS）在肺部感染中的诊断价值。方法:选取从2019年4月至2021年9月因疑诊肺部感染在南昌大学第二附属医院及江西省人民医院住院治疗,并同时接受了BALF mNGS和常规病
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目的:通过与常规病原学检测方法相比较,评价支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing,mNGS）在肺部感染中的诊断价值。方法:选取从2019年4月至2021年9月因疑诊肺部感染在南昌大学第二附属医院及江西省人民医院住院治疗,并同时接受了BALF mNGS和常规病原学检测（conventional microbiological tests,CMTs）的502名患者。记录患者年龄、性别、基础病、实验室检查结果、肺部影像、BALF mNGS的检查结果、抗生素治疗和及预后等相关临床信息。根据患者肺部影像学资料、血清学检验结果、诊疗过程、常规病原学及mNGS结果综合分析患者是否为肺部感染。若患者为肺部感染则进一步分析病原体的种类,以此为参考标准计算mNGS的病原体检出率,并与CMTs进行比较,评估mNGS在肺部感染中的诊断价值。根据患者是否患有基础病将患者分为不同的亚组:免疫抑制组、支气管扩张组、其他基础病组、单纯肺部感染组,分析不同亚组的病原谱。并进一步计算mNGS报告中不同病原体的阳性预测值（positive predictive value,PPV）。探究不同基础疾病患者的mNGS报告对于病原体检测的临床指导意义。结果:经临床综合分析,84.1%（422/502）的患者诊断为肺部感染,15.9%（80/502）患者诊断为非感染性疾病,包括恶性肿瘤、机化性肺炎、血管炎等。502例患者中,免疫抑制组104例（20.7%）,支气管扩张组93例（18.5%）,其他基础病组90例（17.9%）,单纯肺部感染组215例（42.8%）。mNGS的敏感度和诊断准确度分别为72.5%[95%置信区间（confidence interval,C I）,68.2-76.8%]和74.9%（95%CI,71.7-78.7%）,均优于CMTs（敏感度25.4%,诊断准确度36.9%）,且在大多数种类的病原体中,mNGS的检出率均高于CMTs。混合感染以免疫抑制患者最为多见（22.1%）,其次为其他基础病组（22.1%vs13.3%,P=0.13）和支气管扩张组（22.1%vs9.7%,P=0.018）。单纯性肺部感染患者仅2.3%（95%CI,0.3%-4.4%）的患者发生混合感染。根据临床综合分析结果,不同基础病的肺部感染患者病原谱也有不同:免疫抑制组最常见的病原体为耶氏肺孢子菌（31.0%）和曲霉菌（17.2%）;支气管扩张组最常见的病原体为铜绿假单胞菌（24.1%）和非结核分枝杆菌（24.1%）;在其他基础病组中,最常见的病原菌为结核分枝杆菌（20.3%）、曲霉菌（14.5%）和厌氧菌（11.6%）。单纯肺部感染组最常见的病原菌为结核分枝杆菌（37.3%）和鹦鹉热衣原体（12.7%）。mNGS的阳性预测值（positive predictive value,PPV）在不同病原体中亦表现出差异:结核分枝杆菌94.9%（95%CI,89.1-100%）,鹦鹉热衣原体86.2%（95%CI,72.9-99.6%）,曲霉86.0%（95%CI,76.0-96.0%）,非结核分枝杆菌67.6%（95%CI,51.1-84.2%）,耶氏肺孢子菌67.3%（95%CI,72.9-99.6%）,不同类型病原体的PPV也呈现出差异。耶氏肺孢子菌在免疫抑制组中的PPV明显高于另外三组（80.5%vs 12.8%,P=0.006）;同样,非结核分枝杆菌在支气管扩张组中的PPV也高于另外三组（80.5%vs 12.8%,P=0.001）。结论:1、在肺部感染的病原学诊断中,BALF mNGS的应用可以显著提高病原的检出率。2、不同基础病患者的肺部感染病原谱及发生混合感染的几率不同。不同种类病原体PPV呈现出差异。3、解读mNGS报告时,应考虑患者的基础病和病原体的种类。
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