水是经济发展和人们生存的基础,也是人类社会发展的重要源泉,在社会生活中具有不可替代的作用。河流、湖泊具有重要的经济作用、资源功效和生态环境功能,容易被人们忽视。然而,随着社会经济发展速度的加快,作为水资源的主要承载者、航道和整个生态环境不可缺少的一部分,江河湖泊的水生态环境日益恶化,部分地区向江河湖泊排放的污染物过高,还出现了随意占用河道、滥用水岸、非法圈占湖泊和田地、非法采砂等现象,对人们的社会生活和自然环境本身产生了很大的影响。河流连接湖泊,为湖泊提供水源,湖泊为河流提供节水,两者相辅相成。一旦河流的水环境受到污染湖泊的水环境必然受到影响,河湖治理已迫在眉睫。河长制是我国地方政府为治理河湖污染而开创的一项政策安排。自2007年在江苏省无锡市实施以来,该制度在全国范围内推广,地方政府积极响应试点实践,目前已在全国范围内施行。河长制弘扬了党和政府坚持绿色发展的执政理念,体现了党和政府对河湖管理在自然经济可持续发展和治理国家战略高度的高度重视,对推动我国生态文明建设融入党的十八大“五位一体”战略布局具有重要作用。但是,随着社会经济发展的加快和政策实施战线的拉长,河长制实施过程中的问题也逐渐显现出来。因此,政府应正确认识河长制是一项需要长期坚持和完善的政策。本文以重庆酉阳县为研究对象,首先提出河长制的相关概念,河长制和流域治理。结合公共管理的相关理论,运用所学到知识,与运行河长制的基本知识融会贯通,介绍重庆酉阳县河长制运行的主要情况、制度建设、实施方案、运行机制,包括基本原则、总体目标、组织体系、主要任务、采取了哪些保障措施等,接下来结合酉阳县现有水环境、行政、河道流域管理体制和法规的实际情况进行实地考察、调查问卷访谈,找出存在的问题,并进一步分析原因,最后为进一步加强重庆酉阳县河长制运行提出对策建议。本文的研究结论如下:（1）重庆酉阳县河长制运行中存在的问题包括四方面:工作推进力量较薄弱、监督工作不到位、协同主体沟通不畅、社会参与度低。（2）重庆酉阳县河长制运行中存在问题的原因包括地方政府财力不足、监督体系建设较为滞后、信息传递渠道不够及时准确、公众参与机制不完善。（3）最后从加大工作支持力度、细化和完善监督机制、构建“互联网+河长制”综合管理平台、建立全过程公众参与机制四方面提出重庆酉阳县加强河长制运行的对策。