随着“十二五”规划“开创科学发展新局面”要求的提出，我国进入了科学技术新一轮的发展阶段。我国科研经费管理体制的改革和规范，引起了社会各界的广泛关注。国家科技项目的承担单位众多，性质、规模、分工等各异。行政事业单位是我国重要的科技项目承担者之一，其科研经费管理的方针政策和实施情况，不仅是其他单位的榜样，也可以为其他单位提供参考，促进科研经费管理改革新思路的开发。本文主要从行政事业单位入手，以湖南省SJ局为例，对行政事业单位科研经费管理进行了研究。湖南省SJ局隶属于国家总局，其下也拥有多个办事机构和事业单位，属于典型的行政事业单位。湖南省SJ局担负着国家和湖南省重要的职责，湖南省SJ局单位的内设部门和其下属事业单位都拥有数个科研项目。湖南省SJ局及下属事业单位的科研项目可以分为纵向课题和横线课题。其纵向课题的科研项目主要由SJ本局按照“二上二下”中央部门预算编制的流程来进行，其横向课题则由具体的承担单位单独进行核算和管理。湖南省SJ局及其下事业单位拥有多个重点科研项目及大量的科研经费属实。本文以湖南省SJ局现有的科技计划为背景，从分析湖南省SJ局科研经费管理的现状入手，以时间的先后顺序为落脚点，从科研经费的事前预测、事中控制和事后审核三个主要方面，深入分析了该单位科研经费管理的突出点以及可能存在的问题，并在此基础上扩展到行政事业单位科研经费管理的现实状况。最后也分别以事前预测、事中控制和事后审核三方面，对以湖南省SJ局为典型的行政事业单位科研经费管理提出了相应的改进办法，促进行政事业单位科研经费的有序有效管理。