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略阳乌鸡是我国陕西省略阳县特产,具有较高的营养价值和药用价值。略阳乌鸡目前主要有三种养殖模式:笼养、网上平养和林下散养,不同养殖模式略阳乌鸡的肉品质有所差异,当地居民传统认为林下散养的、饲养周期长的乌鸡营养价值更丰富,肉质更好。为了量化的分析三种养殖模式对肉品质的影响,解析鸡肉性状的调控差异,为培养更具风味和营养价值的略阳乌鸡提供理论基础,同时为略阳乌鸡最适养殖模式的选择提供理论参考依据。本研究选用略阳乌鸡肉用育种群10周龄体重接近的略阳乌鸡90只,公母各半,随机分为笼养、网上平养、林下散养三组,每组30只,设置3个重复。饲养至17周龄,每组随机选12只公母各半,进行屠宰,对其进行肉品质测定和组织形态学观察分析、鸡肉中营养物质和风味物质对比分析。通过转录组学分析以及RT-qPCR验证,筛选出与肉品质相关的差异表达基因以及相关的调控通路。研究结果如下:1.不同养殖模式对略阳乌鸡鸡肉pH值、剪切力和系水力的影响,结果表明,网上平养组与林下散养组鸡肉pH值均显著高于笼养组（P＜0.05）,网上平养组与林下散养组差异不显著（P＞0.05）;林下散养组鸡肉剪切力显著高于笼养组（P＜0.05）,网上平养组鸡肉剪切力与笼养组差异不显著（P＞0.05）,林下散养组公鸡与网上平养组公鸡差异显著（P＜0.05）;在林下散养模式下公鸡鸡肉剪切力显著高于母鸡（P＜0.05）;三种模式略阳乌鸡鸡肉系水力差异不显著（P＞0.05）。2.略阳乌鸡胸肌组织学观察,结果表明,林下散养组肌纤维直径较大,笼养组鸡肉肌纤维直径较小,但肌纤维直径差异不显著（P＞0.05）;肌纤维的密度散养组较高,笼养组较低,但差异均不显著（P＞0.05）。3.不同养殖模式对略阳乌鸡肉中营养物质和风味物质的影响,结果表明,略阳乌鸡笼养组公鸡鸡肉蛋白质含量显著高于林下散养组公鸡（P＜0.05）,其余均不显著（P＞0.05）;网上平养组母鸡和林下散养组母鸡鸡肉脂肪含量均显著低于笼养组母鸡（P＜0.05）,网上平养组和林下散养组差异不显著（P＞0.05）;笼养模式下,母鸡鸡肉的脂肪含量显著高于公鸡（P＜0.05）;林下散养组和网上平养组鸡肉肌苷酸含量显著高于笼养组（P＜0.05）,林下散养组鸡肉肌苷酸含量与网上平养组差异不显著（P＞0.05）。网上平养组公鸡不饱和脂肪酸含量显著高于散养组公鸡（P＜0.05）,笼养组母鸡不饱和脂肪酸含量显著高于散养组母鸡（P＜0.05）;林下散养组母鸡的饱和脂肪酸含量显著高于笼养组公鸡（P＜0.05）。笼养和网上平养模式公鸡的游离氨基酸量含量显著高于林下散养组公鸡（P＜0.05）;笼养模式下,公鸡氨基酸含量显著高于母鸡（P＜0.05）;其余均不显著（P＞0.05）。笼养组和平养组鸡肉中的鲜味氨基酸含量均显著高于林下散养组（P＜0.05）;在平养组中,公鸡鲜味氨基酸含量显著高于母鸡（P＜0.05）。4.不同养殖模式略阳乌鸡鸡肉转录组分析,结果显示,LY＿vs＿SY对照组中有297个差异表达基因,其中上调差异基因123个,下调差异基因168个;PY＿vs＿LY对照组中有131个差异表达基因,其中上调差异基因30个,下调差异基因101个;PY＿vs＿SY对照组中有387个差异表达基因,其中上调差异基因71个,下调差异基因36个。KEGG富集分析,主要富集在与氨基酸、脂肪酸、糖类|脂质代谢以及核苷酸代谢相关的通路。GO富集分析,富集功能主要富集在肉品质相关、肌肉生长发育、脂肪酸等成为前体物质合成等生物过程中。筛选出肉品质相关的主要差异表达基因有PCK1、GLUL、GATM、ASNS、GSTA3、NMRK2、SLC7A5、COS2、SMTNL2、AMPD1、GADL1,对其进行RT-qPCR验证,结果与转录组测序结果一致。综上所述:不同养殖模式对略阳乌鸡的鸡肉品质影响较大,相对于林下散养鸡的鸡肉,网上平养组和笼养组鸡肉口感较鲜嫩多汁,网上平养组鸡肉肌苷酸、氨基酸和脂肪酸含量丰富,林下散养组鸡肉风味相对较差。差异表达基因PCK1、GLUL、GATM、ASNS、GSTA3、NMRK2、SLC7A5、COS2、SMTNL2、AMPD1、GADL1与肉品质调控相关,从分子水平研究影响鸡肉风味和鸡肉性状的差异表达基因和调控通路,为略阳乌鸡肉品质调控机制的研究奠定理论基础。