起诉是启动诉讼程序的钥匙,司法消极中立、不告不理的属性决定了没有起诉就没有后续的诉讼程序,因此建制完备的环境行政公益诉讼起诉制度是对该制度本身不断完善的第一步。本文以环境行政公益诉讼起诉制度为题,立足理论研究和实证考察两方面,从环境行政公益诉讼起诉主体行使起诉权的相关问题展开,着重探讨起诉主体、起诉条件、起诉保障机制与受诉法院立案与管辖制度四个要素。适格主体问题是公益诉讼制度建立以来存在争议较多的领域,检察机关或许是当前最为合适的适格主体,但本文认为合适不等于唯一。因此在本文所讨论的起诉制度是建立在多元主体启动环境行政公益诉讼的语境下,分析论述多元起诉主体的合理性。并且尚需构建合理机制解决潜在滥诉隐患、诉讼动力不足、诉讼能力不匹配等问题。在厘清环境司法与环境执法关系的前提下针对当前诉前检察建议作为起诉的先决条件在实践中暴露出不规范、不具体的问题以及对后续判断行政机关是否依法履行职权所造成连带影响进行针对性论述、完善。以及考虑到环境行政公益诉讼的特殊性,建议适当提高现行管辖层级、整合审判资源,完善跨行政区划管辖制度。