民办高校是我国高等教育中的重要组成,在近年来分类管理的发展趋势下,其日益重视自己及二级学院绩效考评活动,但就如何科学评价二级学院绩效,既往研究成果对之直接指导有限,这使得我们有必要对代表性民办高校二级学院绩效评价展开探索。事实上,加强教学环节,提高教育质量是教育资源配置和学校工作的重点。绩效评价是新时代高等教育发展的客观要求,是高校提高办学效能的现实需要,是国内外高等教育评估的普遍趋势。作为高校各项职能的具体承担者,二级学院是实现高校战略规划与发展目标的中坚力量。为了进一步激发二级学院办学活力,提高办学效能,很多高校探索性地推行了二级学院绩效评价制度。高校二级学院作为多维投入与产出的基本单元,基于科学的方法对其资源使用效率进行评价,不仅有助于洞悉其整体投产效率,亦能够通过对二级学院绩效评价体系探索,实现投产效率优化的目的。2013年重庆A高校从一家独立学院转设为普通民办高校。2020年11月教育部评估了其转设以后本科教育是否合格,这也是重庆范围内第一家接受本科教学合格评估的民办高校。在新的管理模式下,A高校二级学院逐步向高质量、高效率办学转型,优化二级学院投入与产出效率构成其中的重要工作内容。当前,A高校二级学院资源投入与成果产出过程中仍存在较明显的资源错配等现实问题,制约了其健康跨越式发展,其中一个重要原因在于二级学院绩效评价体系缺失。由此,重庆A高校近年来提出了科学探索二级学院绩效评价体系的新命题。本研究基于国内外高校二级学院绩效评价指标、方法、DEA模型的相关研究,运用绩效管理理论、投入产出理论和DEA相关理论,通过文献研究法、案例分析法对重庆A高校二级学院绩效评价现状及存在的问题进行研究;从投入产出角度遵循全面性、真实性、可比性和目标性原则,构建了A高校二级学院绩效评价指标体系;通过DEAP2.0软件选择了CCR模型对重庆A高校二级学院2016-2020年五年的投入产出数据进行结果输出,通过DEA有效和DEA无效两方面评价了各二级学院绩效,并提出了DEA无效学院的改善措施。本文的研究结论如下:（1）当前重庆A高校绩效评价存在评价指标体系设置不尽合理、评价指标界定不清存在相互影响、评价方式和程序缺乏科学性、评价结果运用单一的问题;（2）依据全面性、科学性、可行性与投入产出原则等原则选择了11个学院,利用2016-2020年五年学院的数据,从投入和产出两个方面选择了人力、物力、财力、教学、科研作为评价指标;（3）根据DEA输出结果,A高校近五年二级学院绩效整体呈下降趋势,投入产出效率损失严重;（4）有4个学院DEA是有效,7个学院DEA无效;文科学院效率高于理科学院;（5）从投入冗余和产出不足两个角度评价DEA无效的二级学院低效率的原因,DEA无效的学院往往存在一个或多个投入冗余或产出不足的情况。重庆A高校应进一步发挥外国语学院、学前教育学院、政治与法律学院、文学与新闻传播学院四个学院投入产出效率优势,持续加强师资建设、专业建设、考研指导等多方面努力。加强教学资源配置,成立领导小组,对学院的资金、教学用房等方面使用效率等绩效管理工作进行跟进督导,对排名靠前或提升显著的学院进行奖励表扬,对排名靠后或停滞不前的学院敦促改正。A高校可根据实际需要,适当引进科研人才,加强科研能力的积累,建设学科及专业互补、知识技能衔接紧密的科研团队。部分学院可利用自身学院专业优势,为考研学生开设数学、英语等辅导,帮助学生提升考试分数提升考研率;转变学院的资产管理观念,充分考虑其成本效益,不仅是教学科研用房,教学科研器械等大宗固定资产都应纳入监督考核的范围。