红斑丹毒丝菌可感染动物导致动物的丹毒病,也可感染人导致类丹毒。猪丹毒是一种严重影响中国养猪业的细菌性传染病,上世纪猪丹毒曾在我国养猪业中肆虐,后来我国在猪场中广泛使用猪丹毒相关疫苗,有效防止了该病的传播和蔓延,但是进行本世纪,猪丹毒在我国规模化猪场屡有发生,给我国的猪生产业带来了严重的损失。抗生素的广泛使用对养猪业疾病的防控起到了重要作用,但近年来抗生素的滥用问题愈加突出,直接导致了临床上大量耐药细菌的产生,而且抗生素药物残留也使我国食品安全问题面临重大挑战,因此采用疫苗免疫是预防猪丹毒的最佳方式。目前我国预防猪丹毒所用疫苗包括传统的灭活苗和活疫苗,这些传统疫苗虽在预防和控制传染病过程中起到了重要的作用,然而全菌疫苗中存在的大量无效成份既可引起严重的副反应,又会引起过多无意义的非特异性免疫应答,浪费机体的免疫潜力,不利于疫病的防控,同时活疫苗也存在着毒力返强的风险。因此,对近年来中国分离红斑丹毒丝菌进行分离和鉴定,可以进一步了解当前流行菌株的流行特征,创制新型的猪丹毒基因工程亚单位疫苗,可以为防控猪丹毒的流行提供更加丰富的手段。本研究所获的研究成果主要有:1.红斑丹毒丝菌分离鉴定本研究以2012年至2018年从中国15省分离的120株红斑丹毒丝菌作为研究对象,对7个管家基因进行扩增测序,从而鉴定分离株的MLST序列型,结果表明:120株临床分离株共分为3个序列型,分别是ST48、ST73和ST74,ST48是主要的序列型。从每个序列型分别随机选取5株细菌进行小鼠毒力检测,结果表明,ST48型菌株的毒力显著强于其它序列型菌株。利用微量稀释法检测7种抗生素对120株分离株的最低抑菌浓度,耐药率分析结果显示:红斑丹毒丝菌对四环素类抗生素（四环素）、大环内酯类抗生素（红霉素）、林可酰胺类抗生素（克林霉素）和喹诺酮类抗生素（环丙沙星和恩诺沙星）高度耐受,对β-内酰胺类抗生素（美罗培南和头孢噻肟）高度敏感。耐药谱分析结果显示:同时耐受环丙沙星、恩诺沙星、克林霉素、四环素和红霉素等5种抗生素的菌株分离率最高,达到44.2%。6株红斑丹毒丝菌的基因组测序结果表明:6个基因组序列大小为1766Kb-1932Kb,预测的编码序列数量为1661-1840个,将6个基因组序列的单拷贝同源基因聚类分析,构建系统发育树,结果表明:敏感菌株SE-RD株处在一个独立的进化分支上。对测序基因组进行比较基因组分析,从红霉素耐药菌株的基因组发现疑似的红霉素耐药基因Erm A-like,该基因首次发现于红霉素耐药菌株中,该基因转化大肠杆菌C600株,使红霉素对大肠杆菌的最低抑菌浓度提高了至少4倍。此外,在喹诺酮类抗生素（环丙沙星和恩诺沙星）耐药菌株的gyr A和par C基因的喹诺酮耐药决定区中发现3个疑似的喹诺酮耐药突变gyr A86T-I,gyr A90D-N和par C81S-I,携带86T-I突变的gyr A基因和携带81S-I突变的par C基因分别转化大肠杆菌C600株,使恩诺沙星对大肠杆菌的最低抑菌浓度分别提高了至少2倍。扩增新发现的红霉素耐药基因Erm（A）-like和已报道的耐药基因Erm（T）,结果显示:在64株红霉素耐药株中都检测到了Erm（A）-like耐药基因,在56株红霉素敏感株中都未检测到Erm（A）-like耐药基因;在所有120株细菌中都未检测到耐药基因Erm（T）,结果表明:耐药基因Erm（A）-like广泛存在于红霉素耐药株中,是红斑丹毒丝菌耐受红霉素的主要耐药基因。对已被报道的四环素耐药基因tet（M）和克林霉素耐药基因lsa（E）进行PCR扩增鉴定,结果表明:四环素耐药基因tet（M）的检出率为37.5%（45/120）,克林霉素耐药基因lsa（E）的检出率为59.2%（71/120）,结果表明:耐药基因tet（M）和lsa（E）广泛存在于红斑丹毒丝菌临床分离株中。2.猪丹毒基因工程亚单位疫苗的研制本实验室前期发掘并验证了Spa A蛋白是红斑丹毒丝菌重要的免疫原性蛋白,本研究用表达红斑丹毒丝菌Spa A基因的重组大肠杆菌BL21-Spa A株作菌种,在GMP车间试制了10批猪丹毒基因工程亚单位疫苗,对仔猪进行单剂量、单剂量重复和超剂量免疫以验证疫苗的安全性,对仔猪进行攻毒保护试验以验证疫苗的效力,同时开展最小免疫剂量的研究,制备了红斑丹毒丝菌ELISA抗体检测试剂盒用于疫苗免疫抗体的检测,并优化了抗原纯化工艺。试验表明:猪丹毒基因工程亚单位疫苗安全有效、质量可控。