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多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以clustalw为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序.但是当比对数目比较多的时候,时间仍然比较长,本文设计一种的clustalw并行算法,给出计算实例,并分析了比对效率和加速比.