自由能计算相关论文
金属团簇催化剂在非均相催化领域有着非常广泛的应用,它们的催化性能与构型结构及电子性质息息相关。对于催化反应来说,催化体系在......
生物大分子在生命活动中有着重要的作用,它们发挥调控功能时往往伴随着复杂的构象变化,这些变化很难被常规的动力学方法捕捉到,人......
自由能是药物设计、材料设计以及生物化学过程等多个领域的研究中最核心的物理量之一。精准的自由能计算依赖于准确的哈密顿描述。......
研究生物大分子结构和功能的关系在生物和化学领域是非常重要的课题。在对蛋白质分子的研究过程中,无论是对蛋白质折叠过程分析、......
大量研究表明磷脂酰肌醇3-激酶δ(PI3Kδ)与多种恶性肿瘤及免疫疾病的发生、发展密切相关,因此成为一个备受关注的药物靶点.伊德利......
电压门控钠离子通道控制着钠离子的跨膜内流,负责启动可兴奋细胞的动作电位。它在生物的心脏节律调节和神经信号传导中发挥着重要......
疏水蛋白是一种性质独特的表面活性蛋白,其表面上存在着一块约占总表面积19%的疏水区域。实验表明,疏水蛋白吸附在疏水表面上能够改变......
本文从原子水平上研究了一种[2](3)索烃1在乙腈溶液中的逐步单向的运动机理,该索烃由一个基于三蝶烯的三冠醚主体分子(eTC)和一个含......
Crizotinib 作为最有效的抗肿瘤药物之一,其在MTH1 介导的RAS 依赖型肿瘤实验中依然成效显著。虽然不同的crizotinib 手性异构体在......
在分子动力学(Molecular dynamics,MD)模拟可及的时间尺度下观测复杂的生物化学过程十分困难。重要性采样方法可以克服生物化学体......
木质纤维素生物质转化后可生成生物燃料和生物化学品等,用于能源和化工等领域[1]。然而,在工业中,生物转化木质纤维素的成本仍然较高,......
图1所示的轮烷中,轴左右对称,包含三个结合位点,分别是中间的双季铵位点和两侧反向的苯基三唑位点而大环分子的骨架为由两个仲胺相连......
扩展自适应偏置力(extended adaptive biasing force,简称eABF)[1,2]方法是一种重要性采样与自由能计算方法,它利用扩展拉格朗日动......
采用增强采样分子动力学模拟研究了一轮烷型分子梭协助K+跨膜转运的机制,该轮烷由两亲性的轴和套在轴上的大冠醚环及连接在大冠醚......
多环芳烃(PAH)被认为是火焰中碳烟生成的前驱体之一,PAH的物理凝结在碳烟生成过程非常重要。利用拉伸分子动力学(SMD),我们计......
自适应偏置力方法(adaptive biasing force,ABF)[1]是常用的自由能计算方法。但是传统ABF方法的实际应用会受到如下限制:(1)无......
本文总结了计算科学领域中被广泛使用的自由能计算方法,详述了各种自由能计算方法的基本原理、操作过程以及所具有的特点,并在最后......
将蠕虫链模型应用于自洽场理论,我们给出了rod-coil两嵌段共聚物熔体在共向同性相区中以rod一段组分为参数的统一的相图。这一......
在过去几十年,如何精确地预测结合亲和力一直是基于受体结构的药物设计方法研究的重点。实现自由能的精准预测不仅能够大幅降......
沥青质是原油中一系列高分子化合物组成的混合物,具有多芳香结构、分子量大、极性强的特点,它们与各种类型的岩石矿物表面的关系密......
GLUT1是哺乳动物细胞膜上的转运蛋白,能够帮助D-葡萄糖完成沿浓度梯度的跨膜运输。转运蛋白XylE是大肠杆菌中的GLUT1同源蛋白,需要......
环糊精对超分子化学的发展具有重要意义,其特殊的物理和化学性质已经在实验和理论研究中受到广泛关注。本文对近10年来环糊精的理......
全氟辛磺酸(PFOS),因其在环境介质中的稳定性、环境持久性和生物累积性,正逐渐引起科学界的广泛关注.本研究应用Gaussian09 程......
Gleevec(STI-571)是由Novartis公司开发的一种治疗慢性粒细胞白血病(CML)的特效药物,它作用在Abl酪氨酸激酶上,通过抑制Abl酪氨酸激......
分子识别是分子间专一性的结合过程,抗体与抗原、受体与配体、酶与底物是人们所熟悉的生物体内的分子识别的三个模型.这些识别过程......
β-分泌酶(memapsin 2,BACE-1)是阿尔兹海默症(Alzheimers disease,AD)病程中的关键酶,它水解β-淀粉样前体蛋白(amyloid precurso......
从2009年四月份以来,H1N1流感病毒的爆发引起了全世界的关注。世界卫生组织和疾病预防与控制中心一致认为奥司他韦是治疗感染流感病......
理论与计算化学是光化学研究的基本手段之一。近年来,人们使用完全活化空间自洽场及其二阶微扰方法(CASSCF//CASPT2)计算了各类光......
本论文在已有实验和计算研究的基础上,应用最新的分子动力学模拟和自由能计算方法对环糊精常温液态水化过程及与磷脂分子相互作用......
近几年,随着葫芦脲的合成和衍生化方法的成熟,第四代超分子主体葫芦脲已引起密切关注。葫芦脲可应用于医药、催化、分子开关和囊泡等......
The human neurodegenerative diseases and amyloidosis have aroused public attention in the past few years,and it is suppo......
神经细胞中的特定蛋白质呈淀粉样聚集会导致包括老年痴呆症,帕金森氏症以及疯牛病在内的超过20种神经性退化疾病。本文中所探讨的......
通过分子对接建立了一系列含二氟甲基磷酸基团(DFMP)或二氟甲基硫酸基团(DFMS)的抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B(PTP1B)的相互作用......
研究了3种由α-环糊精(α-CD)、不同线性结构及中间连接基团组成的轮烷的穿梭行为,其中,线性结构为烷基链(ALK)或聚乙二醇链(PEG),中间连接......
采用分子动力学模拟方法研究了疏水蛋白(HFBI)在亲水云母表面的吸附过程.通过6组平行的分子动力学模拟得到了2种不同的稳定吸附结构,......
使用分子动力学模拟结合自由能计算的方法在原子水平上研究了谷胱甘肽与α-,β-和γ-环糊精的包结模式,计算了谷胱甘肽与3种环糊精......
采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置......
以分子动力学为基础的泊松-玻尔兹曼(或广义玻恩)分子表面法(Molecular Mechanics/Poisson-Boltzmann(or Generalized Born)Surfac......
通过分子对接建立了一系列含二氟甲基磷酸基团(DFMP)或二氟甲基硫酸基团(DFMS)的抑制剂与酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B(PTP1B)的相互作用模式,并......
用分子动力学(MD)模拟方法优化了HIV-1病毒DNA与整合酶(IN)二聚体(IN2)复合物模型结构,并分析了HIV-1病毒DNA结合IN2后的构象变化.结果表......
含有锍离子的葡萄糖苷酶抑制剂如kotalanol(SK)和它除去磺酸基团后的衍生物(DSK),是潜在的毒副作用较小的治疗II型糖尿病的候选药物.小葡......
近年来,石墨烯量子点(GQDs)作为一种准零维纳米材料表现出优异的光电特性、低毒性、良好的生物相容性和生物可降解性。石墨烯量子......
近年来,计算机技术发展突飞猛进,依赖于计算机技术的分子动力学模拟在物理、化学、生物以及材料研究领域都扮演着重要角色。对分子......
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