如果列举中世纪对抗各种传染病的方法，恐怕会令现代人瞠目结舌——使用通便剂、催吐剂、放血疗法、烟熏房间、烧灼淋巴肿块甚至把干蛤蟆放在上面，或者用尿洗澡……直到18世纪后，随着近代科学的发展，人们才开始对公共卫生有了一些初步概念，例如传染病患者需要隔离、房间应该保持卫生通风等，但其推广仍举步维艰。在美国南北战争期间，疟疾、黄热病等多种烈性传染病盛行，以至于死于疾病的士兵远超战场上死于枪炮的牺牲者。在对抗这些恶性疫情的过程中，近现代公共卫生制度终于得到大面积推广。
　　孕育疫病的温床
　　在南北战争爆发前，美国北方快速推进的城市化带来一系列问题，缺乏住房导致大量人口蜷缩在拥挤的贫民窟里，根本谈不上公共卫生。美国南方情况更糟，当地沼泽密布，夏天异常潮湿闷热，很容易感染疾病。即便是南方城市的情况也不乐观，因为该地区的海港与黄热病猖獗的加勒比海地区相连。新奥尔良地区尤其受到黄热病的困扰，被称为南部的“死亡之城”。
　　南北战争爆发后，由于交戰区域主要集中在美国南部，为疾病传播提供了绝佳场所。拥挤的军营和混乱的战场环境，更成为疫情传播的温床。无论南北军队，当时都不讲究个人卫生和军营环境，士兵满身污秽，垃圾随处乱扔，带着病菌的老鼠在军营里成灾，一路啃噬任何它们能找到的食物。一名北军士兵描述称：“我难以描述我们部队曾经历的困难。饥饿、口渴、疲劳等不堪忍受。我们的饮用水来自一条浸泡着马匹尸体的河流。”这样的情况下，传染病盛行可想而知。据统计，病死的北军士兵占死亡总数的63%，南军这一数字更高达71%。
　　用卫生措施击败黄热病
　　美国南方盛行的黄热病还被当作对抗北军的秘密武器。黄热病由黄热病毒引起，通过伊蚊叮咬传播。南方民众长期生活在黄热病高发地区，不少人感染黄热病后获得终身免疫。而北方人很少接触黄热病，缺乏免疫力。1862年5月，北军攻占新奥尔良城，南军却并不忙着反攻，而是出动大军将北军围困在城中，等待黄热病流行后不战而胜。不少新奥尔良民众也期盼黄热病“大显神威”。
　　为防患于未然，北军指挥官巴特勒下达严厉命令，强制在该城推行隔离检疫和改善公共卫生的措施。当时流行的“瘴气理论”认为，流行病由“瘴气”引发，这是一种看不见的毒素，产生于腐败植物、动物尸体或沼泽湿地。为中断“瘴气”的传播途径，北军招募了数千名清道工，打扫街道、广场以及城市空地，规定任何人不得乱扔垃圾，每家每户必须保持房屋内外干净整洁。同时他还组织人手疏通排水沟、下水道以及运河。这些举措清除了蚊虫孳生地，的确起到隔绝疫情的作用。《内战时期的医学和外科史》一书中写道：“不服水土的北方人驻守新奥尔良期间，这座城市未受疫情侵袭的原因在于积极的卫生措施以及巴特勒严格的隔离检疫制度。”
　　推动建立卫生管理机构
　　在拯救上百万伤患士兵的过程中，美国政府开始逐渐认识到提升医疗服务的重要性。北军规定应改善营地卫生、提高饮食质量、提升水质、建设馆式医院以及使用消毒剂等方法，同时还实施了专门针对传染病的防治措施。
　　例如当时医学界已经模糊认识到通风的作用。不少医生相信传染病人的身体会散发传播疾病的“有害气体”，而通风能有效阻断传播过程。为此美国兴建了大批通风良好的馆式医院。
　　战争爆发之初，多数医生和社会大众认为消毒剂只是净化环境和保存食物之用。但随着战争对医疗观念的促进作用，北方卫生局研制出专门用于黄热病、疟疾的消毒剂，稀释过的漂白粉也大量用于病房的空气净化。在政府的大力宣传下，北方民众几乎都在使用消毒剂，政府还对穷人进行专项补贴。
　　同时不少地方官员在战争中对卫生概念有了更深的理解。他们在战后返回家园，推动新观念、新举措的传播。19世纪70年代，美国大多数州和若干城市都创立了卫生管理机构，全国范围内的卫生委员会也于1879年建立。