【摘 要】
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综合预测可与SARS-CoV发生交叉免疫反应的SARS-CoV-2棘突蛋白(S蛋白)优势B细胞抗原表位,为开发SARS-CoV-2和SARS-CoV S蛋白通用表位疫苗和相关单抗奠定基础.采用MEGA5.05中的Neighbor-joining法构建基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列的系统发生树;参考SARS-CoV-2毒株与SARS-CoV毒株S蛋白氨基酸序列比对及跨膜分析结果,筛选出二者可能存在的共同抗原表位区段(944-1213aa).以SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1株为研究对象
【机 构】
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南京师范大学生命科学学院,南京 210046
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综合预测可与SARS-CoV发生交叉免疫反应的SARS-CoV-2棘突蛋白(S蛋白)优势B细胞抗原表位,为开发SARS-CoV-2和SARS-CoV S蛋白通用表位疫苗和相关单抗奠定基础.采用MEGA5.05中的Neighbor-joining法构建基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列的系统发生树;参考SARS-CoV-2毒株与SARS-CoV毒株S蛋白氨基酸序列比对及跨膜分析结果,筛选出二者可能存在的共同抗原表位区段(944-1213aa).以SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1株为研究对象,其目标区段的亲水性指数、柔性区段、蛋白质表面可能性和抗原指数等参数由DNAStar软件中的Protean模块进行分析预测;结合Phyre2在线工具模拟的空间结构,综合预测可与SARS-CoV发生交叉免疫反应的SARS-CoV-2 S蛋白B细胞优势抗原表位.SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列与SARS-CoV S蛋白具有最高相似性(77.5％),与其它可感染人类的冠状病毒(MERS-CoV、HCoV-HKU1、HCoV-NL63、HCoV-229E)S蛋白存在显著差异,相似性均低于30.3％.Wuhan-Hu-1株S蛋白具有3个疏水核心,可能存在较强的可变性.目标B细胞抗原表位大概率分布于959-966、973-979、1003-1011、1030-1037、1057-1070、1079-1085、1123-1132、1174-1179位氨基酸区段.预测的SARS-CoV-2和SARS-CoV S蛋白共同抗原表位可为通用表位疫苗的设计、单抗的制备、相关药物的快速筛选等工作提供参考.
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