【摘 要】
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目的:通过加权基因共表达网络(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)与最小绝对收缩和选择算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)考察转录因子SOX12在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)发生发展中免疫浸润相关的预后价值.方法:利用基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)和肿瘤基因组图谱(The Cancer G
【机 构】
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江汉大学医学院基础医学部,湖北武汉430056;武汉理工大学理学院力学系,湖北武汉430070
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目的:通过加权基因共表达网络(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)与最小绝对收缩和选择算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)考察转录因子SOX12在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)发生发展中免疫浸润相关的预后价值.方法:利用基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)和肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,采用Kaplan-Meier(K-M)生存曲线和单因素、多因素Cox回归分析SOX12基因表达在HCC中的临床价值.利用ESTIMATE和CIBERSORT算法研究SOX12基因表达与肿瘤免疫微环境的相关性.运用WGCNA和LASSO算法建立风险预后模型,进一步评估高低风险组中SOX12基因表达对HCC患病基因突变的影响.结果:在HCC肿瘤组织中,SOX12的表达显著升高,和年龄、性别、肿瘤等级、疾病分期有关,且与患者生存预后显著相关.在风险预后模型中,高风险组比低风险组的总生存率差.风险预后模型具有显著的预后预测效果,其1年、3年和5年的曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.823、0.811和0.824.高SOX12表达组中TP53基因突变比例(40％)明显高于低SOX12表达组(25％),表明高低风险组中高低SOX12表达影响HCC患病基因突变的频率.结论:SOX12表达与HCC的免疫浸润和患病基因突变相关,提示其可能成为HCC患者预后评估的潜在靶标.
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