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目的通过分析不同产地菊苣Cichorium intybus和毛菊苣C.glandulosum核糖体基因内部转录间隔区(ribosomalDNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)序列,为菊苣药材鉴定和品种鉴别提供DNA分子标记。方法采用广谱植物基因组DNA快速提取试剂盒提取14个产地的菊苣和毛菊苣样本的总DNA,利用ITS序列扩增通用引物PCR扩增rDNA-ITS序列并测序。运用DNAMAN V6软件比较两品种菊苣样品ITS序列的差异。所有样品ITS序列上的差异碱基经数学处理后使用SPSS 17.0软件对其进行聚类分析。结果菊苣ITS序列种内相似度基本上在99.2%以上,毛菊苣ITS序列种内相似度在99.8%以上,而两品种间ITS序列相似度在99.2%以下。两品种菊苣的ITS序列上分别有多个特异性信息位点。聚类分析实现了两品种菊苣ITS序列差异的识别。结论 rDNA-ITS序列是菊苣和毛菊苣药材鉴定和品种鉴别的有效分子标记。