【摘 要】
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目的:通过分析癌症基因组图谱数据库(TCGA)中肿瘤突变负荷(TMB)数据,构建并验证肝细胞癌(HCC)风险评分预后模型.方法:从TCGA数据库下载HCC患者体细胞突变数据、基因表达数据和临床信息.绘制HCC患者基因突变图谱,分析TMB水平与HCC患者预后的关系.利用生物信息学分析筛选预后基因并构建HCC风险评分预后模型,单因素及多因素分析评估模型预测能力.结果:基因突变图谱揭示了HCC患者基因突变特征.Kaplan-Meier分析显示低TMB组HCC患者总体生存率较高(χ2=6.632,P=0.01),
【机 构】
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天津医科大学一中心临床学院,天津300192;天津市第一中心医院肝胆外科,天津300192
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目的:通过分析癌症基因组图谱数据库(TCGA)中肿瘤突变负荷(TMB)数据,构建并验证肝细胞癌(HCC)风险评分预后模型.方法:从TCGA数据库下载HCC患者体细胞突变数据、基因表达数据和临床信息.绘制HCC患者基因突变图谱,分析TMB水平与HCC患者预后的关系.利用生物信息学分析筛选预后基因并构建HCC风险评分预后模型,单因素及多因素分析评估模型预测能力.结果:基因突变图谱揭示了HCC患者基因突变特征.Kaplan-Meier分析显示低TMB组HCC患者总体生存率较高(χ2=6.632,P=0.01),且较高的TMB水平与高龄(χ2=10.328,P=0.0017)、男性(χ2=9.384,P=0.0029)和N0分期(χ2=4.723,P=0.03)有关.将所有HCC样本随机分为训练集(n=177)和验证集(n=178),在训练集中,生物信息学方法确定了FABP6、PFKP和PROK13个预后基因并构建HCC风险评分预后模型:风险评分=(0.13208×FABP6表达量)+(0.15383×PFKP表达量)+(-0.18047×PROK1表达量).将训练集及验证集中样本按风险评分分为高风险组和低分险组,训练集中低风险组HCC患者总体生存率较高(χ2=66.725,P<0.0001),验证集中结果相同(χ2=38.364,P<0.0001).单因素及多因素分析显示,风险评分(HR=2.016,95％CI:1.356～2.997,P<0.001)、病理分期(HR=1.591,95％CI:1.274～1.987,P<0.001)是HCC独立的预后因素.结论:TMB水平与HCC预后相关,风险评分预后模型具有良好的预后预测能力,是HCC患者的独立预后因素.
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