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利用ISSR标记，对原产于贵州的10份苹果砧木种质及5份外来资源进行亲缘关系分析。结果表明：采用筛选出的10条引物，共扩增出75条重复性好的谱带，其中67条（占89．3％）具有多态性；应用引物827、M05、M08可以有效区分出15份种质资源，构建其DNA的ISSR指纹图谱；聚类分析表明，供试种质间的遗传相似系数在0．49～O．93之间，贵州威宁苹果砧木资源遗传多样性较为丰富，ISSR分析结果与已知苹果砧木间的谱系较为一致。