目的 探讨早发冠心病（premature coronary heart disease, PCHD）血瘀证DNA羟甲基化相关差异基因表达，以期寻找PCHD血瘀证诊断和治疗的新靶点。方法 病例来自湖南中医药大学第二附属医院PCHD患者，分为PCHD血瘀证组（A组）和PCHD非血瘀证组（B组），各6例，采用DNA羟甲基化免疫共沉淀芯片技术分析两组的相关羟甲基化差异基因表达情况，并对其进行聚类分析、KEGG通路富集分析及GO功能富集分析。结果 A组与B组相比，高CpG密度启动子差异羟甲基化基因数目343个，低CpG密度启动子差异羟甲基化基因数目144个，通路富集分析得出PCHD血瘀证羟甲基化差异基因主要与细胞周期、心肌能量代谢、炎症、内皮损伤有关，GO功能富集分析得出PCHD血瘀证生物学功能多与细胞发育和分化、蛋白酶活性、细胞内结构等有关。A组的CDKN1B、HDAC2、MDM2羟甲基化表达程度均较高。结论 PCHD血瘀证差异基因羟甲基化表达程度较高，这些差异基因主要与转录调控心肌细胞周期有关，可能影响心肌细胞周期阻滞、凋亡、衰老等，导致疾病的发生发展，为PCHD血瘀证诊断和治疗提供一定的参考。