辣椒素（Capsaicin）类物质是辣椒胎座中合成的重要次生代谢产物,是评价辣椒果实品质性状的重要指标,在医疗、食品、农业、军事等领域都发挥这重要的作用,但在市场上,辣椒素常出现供小于求的情况,主要原因在于辣椒素产量太低,受限于环境条件、生产成本,传统育种方式很难培育出高辣味高产量的新品种,因此在分子层面,通过研究辣椒素合成机制,挖掘影响辣椒素含量的关键基因,找寻提高辣椒素积累的方法在该领域的研究中有重要意义。本研究以魔鬼椒果实不同发育时期转录组测序分析为依据,筛选出差异调控基因4个,其中3个来自MYB家族,1个来自WRKY家族,通过对差异基因在不同品种辣椒果实以及同一品种辣椒不同器官中的表达量分析,揭示差异调控基因的表达规律和基因间的相关性,通过克隆及生物信息学分析,并用VIGS方法研究差异调控基因对于辣椒素含量的影响再通过BIFC方法探究差异表达基因之间存在的互作关系,得到结果如下1.转录组测序筛选出差异上调表达基因3个:CcMYB76、CcMYB171、Cc WRKY107,差异下调表达基因1个:CcMYB143,在云平台上根据关键词筛选预测CcMYB76、Cc WRKY107与辣椒素相关,CcMYB171与花青素相关。2.从6个品种辣椒果实、叶片、茎中荧光定量表达分析中可知CcMYB76、CcMYB171、CcMYB143、Cc WRKY107在果实中的表达量显著高于叶片和茎,4个转录因子都在辣椒的果实中发挥作用;在3种类型辣椒的成熟果实中表达量分析可得出,CcMYB171与辣椒素调控相关性小3.利用病毒诱导基因沉默的方法沉默分别沉默辣椒果实中CcMYB76、CcMYB143、Cc WRKY107基因后测定辣椒素合成途径上的5个结构基因表达量,以及辣椒素含量,当差异调控基因被沉默时,与对照组相比,辣椒素的含量都有所下降,其中沉默Cc WRKY107时辣椒素含量下降最多约下降1.5倍,结构基因也会发生相应的上调或者下调变化,说明CcMYB76、CcMYB143、Cc WRKY107在辣椒素合成过程中都会调控结构基因的表达并且都是影响辣椒素积累。4.利用BIFC方法将CcMYB76、CcMYB143和Cc WRKY107共转烟草,当CcMYB76和Cc WRKY107共转时,在细胞膜和细胞核处观察到黄色荧光信号,在细胞核处荧光信号更强,说明两个转录因子主要在细胞核上发生互作,CcMYB76和Cc WRKY107在果实中的表达规律相似,且Cc WRKY107沉默时,CcMYB76的表达量成倍下降,推测Cc WRKY107转录因子本身直接参与辣椒素的调控,还会间接通过作用于CcMYB76,进而调控辣椒素合成。