研究背景长链非编码RNA(lncRNA)是RNA的一种,包含至少200个核苷酸,具有许多m RNA的结构特点。目前的研究表明,lncRNA与增殖,凋亡,迁移和转移有关,与前列腺癌的放疗抵抗,远处转移以及预后有关。然而,之前大多数的研究集中在基于小样本量的单个lncRNA,缺乏通过大样本高通量转录组测序数据探讨lncRNA与前列腺癌放疗敏感性之间的相关性。本课题将使用生物信息学方法,利用大样本高通量的转录组测序数据,寻找有效的lncRNA预测前列腺癌患者的放疗敏感性。旨在寻找合适的生物标志物用于评估前列腺癌放疗疗效,并为患者的个体化治疗提供新的策略。研究目的利用生物信息学分析技术,识别与前列腺癌放疗敏感性相关的长链非编码RNA研究方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中,利用edge R包检测在有完整放疗反应信息的前列腺癌患者的完全缓解组与非完全缓解组中差异表达的lncRNA和蛋白编码基因,再利用统计学方法识别这些差异表达的lncRNA与放疗敏感性以及与蛋白编码基因的相关性。然后我们对以上与差异表达的lncRNA有相关性的蛋白编码基因用加权基因共表达网络分析法(WGCNA)筛选出与前列腺癌放疗敏感性相关的蛋白编码基因。此时将edge R包检测的差异表达的蛋白编码基因、与差异表达的lncRNA有相关性的蛋白编码基因以及WGCNA筛选的与前列腺癌放疗敏感性相关的蛋白编码基因取交集,确定目标lncRNA的潜在靶基因。三个在线数据库mi Rcode、Target Scan和DIANA被用来预测目标lncRNA潜在的靶微小RNA(mi RNA)以及可能调控蛋白编码基因的mi RNA。最后通过逆转录-定量聚合酶链反应(RT-q PCR)技术检测我们随机收集的前列腺癌患者标本中目标lncRNA和靶基因在完全缓解组和不完全缓解组的表达情况。研究结果在TCGA数据库的前列腺癌完全缓解组和非完全缓解组中,共检测到65个差异表达的lncRNA和468个差异表达的蛋白编码基因。经卡方检验,从65个差异表达的lncRNA中筛选出5个lncRNA与放疗敏感性高度相关,取P值差异最显著的LINC01600为目标lncRNA。利用Pearson相关分析发现558个蛋白编码基因与LINC01600共表达。WGCNA筛选出48个与前列腺癌放疗敏感性相关的蛋白编码基因组成暗红色模块。取交集后确定3个LINC01600的潜在靶基因,分别是JUND,ZFP36和ATF3。最重要的是,在我们随机收集的20例前列腺癌放疗完全缓解患者组和20例不完全缓解患者组的标本中,通过RT-q PCR验证了LINC01600和JUND在完全缓解组和非完全缓解组之间的差异表达。此外,我们还将LINC01600的潜在靶mi RNA与可能调控JUND的mi RNA进行取交集,得到了竞争性内源性RNA(ce RNA)网络。研究结论我们初步探讨了LINC01600与前列腺癌的放疗敏感性之间的关系,并确定了其潜在的靶基因,以用于进一步的基础和临床研究。