经过实践证明，实施农业综合开发，对于保护和支持农业发展，改善农业的基本生产条件，优化农业和农村的经济结构，提高农业的综合生产能力和综合效益，增加农民的收入有着重要的作用。当前，大力推进农业综合开发的实施，增加农民的收入，已经成为各级政府的一个共识，农业综合开发已经成为政府财政支持农业和农村经济发展的一个主要渠道。因此，对农业综合开发资金进行科学的评价，不仅有利于提高资金的利用效率，而且也有利于提高农业综合开发的综合效益。基于此，本论文从理论和实际的结合中，探讨农业综合开发投资的评价问题，以期通过分析农业综合开发投资评价及其存在偏差的成因，从而提出农业综合开发投入政策及资金管理的调整和完善策略，以提高农业综合开发投资的效益。本文紧紧围绕农业综合开发投资评价这个主题，在深入的考察中国农业综合开发的实际情况的基础上，认真了解和学习国内外的相关研究现状，结合公共产品、公共财政、新公共管理理论及绩效等理论，首先，根据农业综合开发投资评价指标体系构建的原则和方法，构建了农业综合开发投资效率评价、效益评价及综合评价的指标体系；其次，运用DEA-Malmquist模型对1988-2010年的农业综合开发投资的整体效率及各区域的效率进行了评价，并在此基础上进行差异性分析；运用灰色关联度分析法对基于农业增加值和农民人均纯收入的农业综合开发投资效益进行了分析；然后从投入、建设、产出和效益四个方面，运用因子分析法对1988-2010年全国的农业综合开发投资及各区域的投资进行了综合评价。第三，分析了农业综合开发投资评价结果存在偏差的成因，并在此基础上提出提高我国农业综合开发投资水平的对策建议。本文的主要研究结论如下：（1）农业综合开发投入对推动农村经济增长及促进农民增收有着重要的作用。农业综合开发投资对农村经济的发展提供了重要的财力支持，是农村经济发展的重要资金来源之一。如2010年，全年共计投入农业综合开发资金491.53亿元，其中中央财政资金192.57亿元，带动地方财政配套资金106.26亿元，“撬动”农民群众、龙头企业、金融机构及社会资本投入达192.70亿元，极大地提高了农业综合生产能力，项目区直接受益农民人均增收额达500.84元。农业综合开发资金投入已经成为了提高农业综合生产能力、推进农业现代化发展和促进农民增收的一支不可替代的重要力量。（2）从农业综合开发投资效率入手的中国农业综合开发投资评价实证分析显示：2003-2010年我国农业综合开发资金利用效率总体处于下降的趋势。分析结果表明，在这八年间我国的农业综合开发资金利用效率都有不同程度的下降，我国农业综合开发整体的资金利用效率并没有达到有效效率但并不存在投入产出冗余或不足。科技进步是我国农业综合开发资金利用效率提高的主要推动力；地区间的全要素生产率存在着显著差异，其中东部地区的全要素生产率最高，中部地区次之，西部地区最低，但是各地区的农业综合开发资金利用效率差异在逐年变小，呈现出趋同性；。（3）通过以农业增加值和农民人均纯收入为例的农业综合开发投资的效益性评价，可以得出，农业综合开发投资与农业增加值和农民人均纯收入有着较明显的关联性，农业综合开发投资的增加对农业和农村经济的发展有着良好的促进作用。对于农业增加值来说，农业综合开发投资中的地方财政配套资金与农业增加值的关联度最高，自筹资金次之，银行贷款和中央财政资金的关联度稍低；而对于农民人均纯收入来说，自筹资金投入与其关联性最高，其次是银行贷款，中央财政资金投入和地方财政配套资金投入等政府财政投入的关联性最低。（4）从农业综合开发投资综合评价入手的中国农业综合开发投资评价实证分析显示：1988-2010年全国的农业综合开发投资的综合评价得分整体上是逐步上升的，并且各年间的差距也在逐渐缩小，其投资绩效趋于平稳发展。这说明我国的农业综合开发投资政策正在逐步改进并趋于完善。从区域层面来看，各地区的农业综合开发投资综合绩效存在较大的差异，按其综合绩效可聚为4类，其中投资综合得分最高的省份为山东省，其次为安徽省、河南省等，投资综合得分最低的为上海市、西藏自治区。从区域间的差异来看，粮食主产省的农业综合开发投资综合得分较高，而经济发展较发达的广东、北京、天津、上海等地的综合得分却较低，经济较落后的甘肃、青海、西藏等地的综合得分也较低。这种结果与我国的农业综合开发的侧重点有着重大的关联。（5）农业综合开发投资评价结果存在着明显的偏差。通过对农业综合开发投资评价的实证分析与综合评价可知，我国的农业综合开发投资评价结果存在着明显的偏差,其主要表现为：农业综合开发投资总量不足，无法满足发展农业综合开发的资金需求；农业综合开发的资金利用率不高，造成农业综合开发资金的进一步的短缺；农业综合开发投资的结构不合理，严重影响到农业和农村经济的均衡发展，等等。造成农业综合开发投资评价结果偏差的直接原因是：各地的农业生产条件的差异，农业综合开发政策的约束，以及农业综合开发投资结构的影响等。但是从深层次的分析来看，造成我国农业综合开发投资评价结果偏差的原因在于现行的农业综合开发投资制度及投资机制的约束，在这种制度的影响下，我国的农业综合开发投资越来越不能满足农业综合开发的资金需要。（6）创新农业综合开发投资制度是保障农业综合开发投资的重点。虽然近年来政府不断地改革和完善农业综合开发投资制度，但是这些改革多是纲领性的、宏观性的，缺乏一些系统的、全面的制度建设，难以对农业综合开发投资形成稳定的保障。目前的农业综合开发投资中存在着财政农业投资不足，农户及私人投资的激励机制不强，银行融资存在困难，资金管理制度不规范等问题，在一定的程度上影响到了农业综合开发投资成果的实现，不利于农业综合开发事业的健康发展，必须从创新农业综合开发投资制度方面去解决农业综合开发投资不足的问题。创新农业综合开发投资制度，完善农业综合开发资金的管理运行、监督等，是促进农业综合开发长期平稳发展的保障。（7）完善农业综合开发投资机制是保障农业综合开发投资的关键。我国滚动式的农业综合开发投资机制已经不能完全适应新形势下的农业综合开发的资金需求，存在着国家的引导职能逐步的弱化，地方财政的资金配套能力明显退化，农民自筹能力的不断分化，银行贷款资金逐渐萎缩，滚动开发的基础已经脆化等问题，不利于农业综合开发事业的健康发展，必须从理顺机制方面入手去解决农业综合开发投资中存在的主要矛盾。完善农业综合开发投资机制，健全滚动循环的投入机制，并健全产权机制是保障农业综合开发事业健康有序发展的关键所在。根据研究的结论提出如下的政策建议：（1）要完善农业综合开发投资制度。创新财政支农政策，加大国家财政公共支出对农业综合开发的支持力度；改革农业税费制度，增强农民的自筹能力；改财政拨款为委托银行贷款，以此来保障银行贷款对农业综合开发的资金投入；加强资金管理工作，提高其科学化精细化管理水平。（2）健全农业综合开发投资机制。要通过立法等手段保证中央财政资金投入的稳定增长；加强地方财政的资金配套机制；建立以农民为主体的农业综合开发投入机制；充分调动银行贷款投资农业综合开发的积极性；健全循环滚动的投资机制；建立健全产权制度。（3）积极调整农业综合开发投资结构。一要增加农业基础设施项目的财政支持额度；二要加大财政资金对科技的投入力度；三是要增加对农业生态环境保护项目的财政支持额度；四是要合理的分配中央财政对各地的资金供给。（4）扩大市场机制的作用范围。按照资金的运作规律，扩大市场机制在公共产品供给中的作用，积极地吸取民间资本及金融资本、外商资本，为农业综合开发的资金筹措注入新的活力。（5）实行科学的农业综合开发项目管理机制。农业综合开发的实施是按照项目投放资金，资金跟着项目走，资金投入决定着项目的规模，按照项目管理着资金，农业综合开发项目管理是农业综合开发的管理核心，项目管理的每个环节都会影响到项目的质量和效率。本文的可能创新之处在于构建了农业综合开发投资评价体系，对农业综合开发投资的整体效率与区域效率进行了评价，分析了区域效率差异的原因；分析了农业综合开发的农业产出和农民收入效应；研究了农业综合开发投资绩效偏差的成因，并提出了相应的对策建议。