农业综合开发是国家支持农业发展的重要手段，是巩固和加强农业基础地位、提高农业综合生产能力和国际竞争力、推进农业现代化、加快农业生产结构调整、推动农业的产业化经营，实现农业可持续发展的重大战略和制度安排。15年来，中国农业综合开发快速推进，已经取得巨大成绩。但现阶段面临最严重的发展障碍是投资不足。为了寻找破解投资不足难题，本文借鉴演化经济学、公共财政学、新制度经济学、预期理论和博弈论等理论和方法、从理论、指导思想、机制、制度和方法系统地探讨了农业综合开发投资创新问题。本文在理清农业综合开发变迁路径的基础上，揭示其被锁定低水平投资和边际投资报酬递减的状态之中，指出农业综合开发投资创新是破解投资不足的唯一出路。从农业综合开发所处国内国际环境(农业发展新阶段、农业国际化和WTO规则、农业市场经济发展和农业财税体制改革)阐述农业综合开发的所负担的历史使命和创新的必要性。在理论创新上主张引用公共财政理论、制度创新理论、农业投资理论和比较优势理论，同时借鉴发达国家农业综合开发经验，提出了新阶段农业综合开发投资创新的总体框架：目标取向、主要任务、指导思想、基本原则、投资思路、投资机制、投资制度、管理过程和方法。在思路创新上，主张用工业化理念谋划、用现代农业理念运作、用政府公共工程理念指导农业综合开发。针对农业综合开发投资不足的机制原因，从提高投资各方的投资预期、构建合作型投资博弈和改善资金拨付和项目建设的委托代理关系等方面健全农业综合开发机制的新思路。针对农业综合开发投资不足的制度原因，指出了农业综合开发投资制度创新基本路径、主要内容、制度环境优化、投资政策调整和项目资金管理制度。在农业综合开发投资管理方法创新上，设计出项目区选化模型和项目设计优化模型。