转录组分析揭示刺激隐核虫感染后大黄鱼皮肤表达谱变化

来源 :厦门大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lwsun_2008
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大黄鱼是我国重要的海水养殖鱼类之一。过去数十年,由于养殖密度过高、养殖环境恶化等因素,大黄鱼在养殖过程中病害频发。其中,刺激隐核虫引起的“白点病”对大黄鱼养殖产业造成了严重的经济损失,并对该产业的持续健康发展带来极大的威胁。皮肤作为鱼类最重要的免疫器官之一,为鱼类防御病原微生物的入侵提供了第一道防御屏障。本研究成功建立了标准化大黄鱼的刺激隐核虫人工感染实验流程,为后续抗病个体筛选、抗病群体选育等工作奠定了实验基础。之后我们进行了大黄鱼的刺激隐核虫人工感染实验。选取刺激隐核虫感染后24、48、72、96小时以及对照组的大黄鱼皮肤组织作为研究对象,探究此过程中皮肤组织的表达变化。通过转录组测序技术,共得到1131311140高质量的reads。通过差异表达分析,感染后24、48、72、96小时差异表达基因数分别为215、473、968、1055,表明随着感染时间的增加,大黄鱼需要改变更多基因的表达水平以应对刺激隐核虫的感染。根据这些差异基因的表达趋势,通过聚类分析将差异表达基因分为6个不同的profile。通过对6个不同的profile进行蛋白互作网络分析,定位到了 TLR5,PBK,NFKBIZ,MAPK14A等18个免疫相关的核心基因。富集分析结果表面,细胞因子-细胞因子受体相互作用通路在四个时间点均显著富集,表明该通路在大黄鱼响应刺激隐核虫感染的整个过程中均有至关重要的作用。本研究有助于深入理解刺激隐核虫感染后大黄鱼皮肤组织表达谱的变化以及大黄鱼响应刺激隐核虫感染的分子机制。
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