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刺激隐核虫是引起海水鱼类白点病的纤毛虫类寄生虫,常给我国海水养殖业造成严重经济损失。在长期的海水鱼类流行性病学调查中,黄姑鱼表现出对刺激隐核虫感染的低敏感性,低致死性。为了探究背后可能的免疫机制,我们检测了黄姑鱼应对刺激隐核虫感染的皮肤转录组变化。实验对4个组别(24C:24小时对照组;24E:24小时样品感染组;72C:72小时对照组;72E:72小时样品感染组)进行皮肤样品采集,高通量转录组测序分析。结果共获得315,519,952个有效reads,325,615个非冗余unigene.在样品两两对比中发现,24C vs 24E,72C vs72E,24Evs72E,24Cvs72C中分别有3775,2347,3468,以及2284个显著差异基因。差异基因的GO功能注释分析表明,基因数目最多的富集亚类属于细胞组分(Cellular component domain)或分子功能(molecular function domain)。而亚类最多的则是属于生物过程(biological processes domain)。在24C vs 24E,24小时样品感染组中,5个与免疫相关的亚类(包括innate immune response,immune response,immune system process,Fc-epsilon receptor signaling pathway,以及inflammatory response sub-categories)被下调基因显著富集;同时上调基因没有显著富集的亚类。在72Cvs72E,72小时样品感染组中,4个与免疫相关的亚类(包括innate immune response,immune response,Fc-epsilon receptor signaling pathway,以及response to stimulus)被下调基因显著富集;3个与免疫相关的亚类(包括(innate immune response,immune system process,和immune response)被上调基因显著富集。在24E vs 72E,72小时样品感染组中,2个与免疫相关的亚类(包括innate immune response和immune response)被下调基因显著富集;2个与免疫相关的亚类(包括immune system process和immune response)被上调基因显著富集。在24C vs 72C,72小时对照组中,2个与免疫相关的亚类(包括innate immune response和immune response)被下调基因显著富集;没有与免疫相关的亚类被上调基因显著富集。这些结果表明,在感染24 h时,黄姑鱼对刺激隐核虫感染有较强的免疫应激反应。而在72h,由于自我调节,黄姑鱼的免疫功能逐步的恢复。另外,即使不进行任何处理,黄姑鱼皮肤转录组表达水平也有一定的差异。进一步的KEGG通路分析结果表明,补体和凝血级联通路在感染24小时起重要作用,造血细胞谱系通路、粘蛋白型O-糖生物合成通路和溶酶体在感染72小时起重要作用。