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硝化作用是生物地球化学循环的关键组成部分。它通常被认为有两步过程,氨首先被氧化成为亚硝酸盐,再氧化成为硝酸盐。最近有研究表明,新发现的全程氨氧化微生物（Complete ammonia oxidizer,Comammox）能独立完成氨氧化和亚硝酸盐氧化过程。目前湖泊岸边带挺水植物根际的Comammox菌的研究还比较缺乏。本论文以梁子湖和月湖岸边带挺水植物根际为研究对象,利用特异性引物进行克隆测序和定量PCR,研究湖泊中Comammox菌的群落结构和丰度,探究了氨氧化古菌（Ammonia Oxidizing Archaea,AOA）、氨氧化细菌（Ammonia Oxidizing Bacteria,AOB）和Comammox菌的共存状况以及环境因子对Comammox菌的多样性和丰度的影响,加深对湖泊氮素循环的了解,并为水体富营养化修复提供理论依据。主要研究结果如下:（1）对梁子湖和月湖挺水植物根际沉积物中的Comammox菌进行克隆测序和定量PCR,在挺水植物根际沉积物中都成功扩增到Comammox菌的特异性序列,证实了Comammox菌在梁子湖和月湖岸边带挺水植物根际沉积物中存在,为Comammox菌在湖泊环境中广泛分布提供了有力的依据。梁子湖沉积物中Comammox菌丰度范围为106-108 copies g-1 dry sediment,月湖沉积物中测得的该菌的丰度范围为104-106 copies g-1 dry sediment。梁子湖沉积物中AOA和AOB的丰度低于Comammox菌,而月湖沉积物中的AOB丰度均值高于Comammox菌,说明Comammox菌在梁子湖挺水植物根系沉积物的环境中更有竞争优势,AOB在月湖中更有竞争优势。（2）系统发育树分析表明梁子湖和月湖挺水植物根际沉积物中主要的Comammox菌具有较为复杂的群落结构,聚类为多个分支,与多种环境来源的序列相似,都为Candidatus Nitrospira,梁子湖沉积物与Cadidatus Nitrospira nitrosa相似性较高,月湖沉积物中Cadidatus Nitrospira inopinata为主要的优势类群。（3）RDA冗余分析表明,梁子湖沉积物的Comammox菌与AOA和AOB存在负相关关系,而Comammox菌丰度与沉积物p H、OM、TP、TN、NO2--N、NO3--N等呈正相关关系。月湖的Comammox菌与AOB并无显著相关性,且Comammox菌丰度与沉积物NO2--N、NH4+-N和p H呈正相关关系。不同湖泊环境影响了Comammox菌的丰度,产生一定差异。（4）梁子湖挺水植物根际沉积物中Comammox菌amo A基因丰度平均值低于远根际沉积物和非根际沉积物中Comammox菌的基因丰度,月湖中挺水植物根际沉积物中Comammox菌amo A基因丰度都高于远根际,表明Comammox菌对各种环境中的不同类型挺水植物有差异化的适应性。