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目的:
用生物信息学的方法,筛选TCGA数据库中具有转录因子辅酶作用的锌指蛋白基因,并探讨锌指蛋白593(ZNF593)基因对人胶质瘤细胞增殖及凋亡的影响。
方法:
1.利用生物信息学方法筛选TCGA数据中具有转录因子辅酶作用的锌指蛋白基因。2.利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析具有转录因子辅酶作用的锌指蛋白基因在胶质瘤中的表达水平与患者预后的关系。3.实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测4种胶质瘤细胞株中ZNF593的表达,验证TCGA数据库的准确性。4.胶质瘤细胞U251转染ZNF593短发夹RNA(shZNF593)和shRNA对照(shCtrl),实时荧光定量PCR(Real-time PCR)和Westernblot检测ZNF593敲减后细胞mRNA和蛋白质的表达水平,确定敲减效率。5.分别利用celigo和噻唑蓝(MTT)检测U251细胞增殖活性。6.分别进行caspase3/7及FACS检测细胞凋亡的变化。
结果:
1.起转录因子辅酶作用的锌指蛋白共有10个家族成员,其中在TCGA胶质瘤数据库中ZNF593异常高表达,与胶质瘤患者总体生存期缩短的风险相关性最强;2.用shRNA敲减U251中ZNF593的表达,通过qPCR检测两对照组ZNF593mRNA的表达丰度,结果提示敲减效率为62%;Westernblot提示蛋白表达水平下降;3.Celigo及MTT检测提示shZNF593组相比对照组细胞增殖能力明显减弱4.流式细胞术(FACS)检测见shCtrl组平均凋亡率为0.56%,shZNF593组平均凋亡率为5.9%,shZNF593组相比对照组细胞凋亡速度明显增快。5.caspase-3/7实验显示:shCtrl组的平均caspase-3/7活性值为6958.7,shZNF593组的平均caspase-3/7活性值为12512。可见与shCtrl组细胞相比,shZNF593组细胞凋亡增快。
结论:
1.TCGA数据分析显示,ZNF593在胶质瘤组织中高表达,可能是胶质瘤的差异基因。2.ZNF593mRNA的表达水平与胶质瘤患者的生存时间呈负相关,ZNF593mRNA表达水平越高,患者的生存时间越短,预后越差。2.ZNF593对胶质瘤细胞增殖具有调控作用,ZNF593的低表达抑制胶质瘤细胞增殖。3.ZNF593对胶质瘤细胞凋亡具有调控作用,ZNF593的低表达促进胶质瘤细胞凋亡。
用生物信息学的方法,筛选TCGA数据库中具有转录因子辅酶作用的锌指蛋白基因,并探讨锌指蛋白593(ZNF593)基因对人胶质瘤细胞增殖及凋亡的影响。
方法:
1.利用生物信息学方法筛选TCGA数据中具有转录因子辅酶作用的锌指蛋白基因。2.利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析具有转录因子辅酶作用的锌指蛋白基因在胶质瘤中的表达水平与患者预后的关系。3.实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测4种胶质瘤细胞株中ZNF593的表达,验证TCGA数据库的准确性。4.胶质瘤细胞U251转染ZNF593短发夹RNA(shZNF593)和shRNA对照(shCtrl),实时荧光定量PCR(Real-time PCR)和Westernblot检测ZNF593敲减后细胞mRNA和蛋白质的表达水平,确定敲减效率。5.分别利用celigo和噻唑蓝(MTT)检测U251细胞增殖活性。6.分别进行caspase3/7及FACS检测细胞凋亡的变化。
结果:
1.起转录因子辅酶作用的锌指蛋白共有10个家族成员,其中在TCGA胶质瘤数据库中ZNF593异常高表达,与胶质瘤患者总体生存期缩短的风险相关性最强;2.用shRNA敲减U251中ZNF593的表达,通过qPCR检测两对照组ZNF593mRNA的表达丰度,结果提示敲减效率为62%;Westernblot提示蛋白表达水平下降;3.Celigo及MTT检测提示shZNF593组相比对照组细胞增殖能力明显减弱4.流式细胞术(FACS)检测见shCtrl组平均凋亡率为0.56%,shZNF593组平均凋亡率为5.9%,shZNF593组相比对照组细胞凋亡速度明显增快。5.caspase-3/7实验显示:shCtrl组的平均caspase-3/7活性值为6958.7,shZNF593组的平均caspase-3/7活性值为12512。可见与shCtrl组细胞相比,shZNF593组细胞凋亡增快。
结论:
1.TCGA数据分析显示,ZNF593在胶质瘤组织中高表达,可能是胶质瘤的差异基因。2.ZNF593mRNA的表达水平与胶质瘤患者的生存时间呈负相关,ZNF593mRNA表达水平越高,患者的生存时间越短,预后越差。2.ZNF593对胶质瘤细胞增殖具有调控作用,ZNF593的低表达抑制胶质瘤细胞增殖。3.ZNF593对胶质瘤细胞凋亡具有调控作用,ZNF593的低表达促进胶质瘤细胞凋亡。