在全球经济一体化浪潮的冲击下，知识经济在国际贸易中占据越来越重要的地位，知识产权也成为培育国家核心竞争力和推动国民经济发展的关键因素。不容忽视的是，国际贸易中侵犯知识产权的非法贸易愈演愈烈，扰乱了正常的贸易秩序，给国际社会带来巨大的经济损失。作为负责监管进出境货物的行政机关，海关在知识产权保护体系中占据重要的地位，知识产权海关保护也越来越多地受到各国的重视。　　我国自1995年《中华人民共和国知识产权海关保护条例》颁布实施以来，不断修改、完善相关法律法规，已基本建立起适应国情的知识产权海关保护体系，但是自贸区建设对海关通关秩序的便捷性提出了更高的要求。如何创新海关监管模式，综合运用信息技术手段，保证知识产权侵权案件的快速有效处理，为自贸区的健康发展提供良好的创新环境成为当前海关监管研究的理论热点问题。　　本文综合运用归纳推理、比较分析和案例分析等研究方法，首先客观地分析了我国知识产权海关保护的现状、保护特点以及面临的问题;其次介绍了国际社会普遍采用的TRIPS协议中关于知识产权海关保护的相关规定以及ACTA对TRIPS协议的突破，通过比较美国和欧盟等发达国家海关在保护知识产权的监管特点和监管程序，为我国创新海关监管提供借鉴;然后结合我国自贸区建设对海关的特殊监管要求，剖析知识产权海关保护中的几个热点问题（比如过境货物、平行进口、对外定牌加工侵权）;最后就如何完善我国知识产权海关保护制度，实现社会公益和保护权利人利益的平衡提出了一些对策和建议。