东北地区紫貂Ⅱ类MHC DRB外显子2多态性研究

来源 :曲阜师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:MYUCHUAN
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紫貂(Martes zibellina)是一种珍贵的小型哺乳动物,隶属于鼬科(Mustelidae)。根据栖息地地理位置及其形态的不同,紫貂在我国分为阿尔泰亚种(Martes zibellina altaica);大兴安岭亚种(Martes zibellina princeps);小兴安岭亚种(Martes zibellina linkouensis)和长白山亚种(Martes zibellina hamgyenensis)。随着这些地区森林砍伐,其栖息地破碎丧失,加之其皮毛具有巨大经济价值导致的猎杀活动,野生紫貂数量急剧下降。主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)是脊椎动物最具多态性的基因之一;MHC分子能显示物种对环境的适应能力,能在一定程度上反映物种经历的历史事件,故成为研究物种遗传进化的有效分子标记。本实验着重研究紫貂Ⅱ类MHC DRB外显子2基因。通过对25个紫貂个体Ⅱ类MHC DRB外显子2基因研究,我们首次发现了37个紫貂DRB外显子2等位基因(包括9个假基因);在碱基组成上,28个等位基因是富CG序列,为62.1%,高含量的CG与维持基因正常功能有密切关系;在氨基酸方面,DRB外显子2基因编码80个氨基酸,变异位点有30个,占37.5%。在组成DRB exon 2的氨基酸中,平均使用率最高的是谷氨酸Glu(10.625%)和精氨酸Arg(10.982%),最低的是甲硫氨酸Met(0.625%)和异亮氨酸Ile(0.759%);在密码子使用方面,使用率最高的前三位是GAG(8.5次)、GUG(6.8次)和UUC(5.6次)。运用MEGA5软件基于Nei-Gojobori method(Jukes-Cantor)模型计算DRB基因全部位点、抗原结合位点、非抗原结合位点的同义替换率和非同义替换率,从抗原结合位点(PBR)看,d N/d S>1,受到正选择作用;从非抗原结合位点(non-PBR)看d N/d S<1,受到净化选择作用;从全部位点看,d N/d S>1,该基因受到正选择作用。运用Mega5.0对28条DRB外显子2序列之间的遗传距离进行计算,28条等位基因序列间的遗传距离介于0.004~0.193之间,平均遗传距离为0.092;运用Mr Bayes软件通过构建系统发育树进行系统发育分析,结果表明紫貂大部分等位基因聚在一起,表明在一定食肉目水平上紫貂DRB外显子2基因拥有自己独特的进化地位;部分紫貂DRB等位基因和貂熊(Gulo gulo)较近,暗示存在跨物种多态现象。
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