我国汽车产业经过多年发展,在产、销量等方面取得了举世瞩目的成就,成为国民经济支柱产业。但自主创新能力严重不足、核心关键技术缺失却成为制约我国汽车产业可持续发展的瓶颈。汽车产业自主创新尤其是新能源汽车核心技术创新要取得长足进展,诸多影响因素之中的关键在于R&D有效融资与资源有效配置。对我国汽车产业自主创新能力的国际比较与实证研究结果均表明,R&D融资与配置水平是影响我国汽车产业自主创新能力增长的核心因素。然而,一方面,就R&D融资而言,作为自主创新成果的知识产品的公共产品属性与作为R&D投入主体的企业的市场属性相矛盾使R&D融资市场失灵,再加之自主创新高投入、高风险、长周期的基本特征和作为R&D投入主体的政府的官员追求短期、稳定的经济回报的投资决策行为特征相矛盾,导致企业与政府都缺乏进行R&D投入的动力与积极性,造成R&D投入总量不足、投入增长缓慢、来源结构不合理,最终导致汽车产业R&D融资失效；另一方面,就R&D配置而言,科研申报立项活动的私属性与R&D配置的计划属性相矛盾使R&D配置计划模式失灵,再加之产学研联盟缺乏长效利益均衡机制和R&D配置结构失衡等原因,造成R&D配置过于分散、配置成效不明显等诸多问题,最终导致汽车产业R&D配置失效。针对汽车产业R&D融资与配置存在的问题及其原因,一是要根据政府理性行为体假说、公共产品供给理论和政府干预理论,运用政府税收行为——开征研发税解决R&D融资市场失灵,并将征税所得专项支出用于汽车产业自主创新；同时通过创新政府官员绩效评价体系和发挥财政R&D“药引子”作用鼓励民间资本、金融资本投入自主创新活动,以确保汽车产业R&D有效融资。二是基于重点跨越、支撑发展、引领未来的汽车产业自主创新战略目标,要创新R&D配置模式,从科研立项—科技成果评定验收—科技成果转化的整个过程都要充分引入市场机制,遵循公平透明、竞争择优的原则进行；要构建产学研联盟长效利益均衡机制与研发人才产学研联合培养机制；要优化R&D配置结构,尤其是提高对基础研究和高校的R&D配置比重；要基于开征研发税构建核心关键技术R&D经费优先与保障机制,使R&D配置保证重点、全面均衡,确保汽车产业R&D有效配置。全球能源与环境危机促使世界汽车技术更新换代朝清洁新能源尤其是电动汽车技术方向发展为发展新能源汽车带来重大战略机遇期。为抓住机遇、迎接挑战、抢占先机,论文提出由国务院统一领导,紧紧围绕清洁新能源尤其是电动汽车技术、产业、经济、管理与文化创新,组织实施国家新能源汽车自主创新工程,在全国范围内整合政产学研民的优势资源,创建新能源汽车自主创新平台体系,集中资源进行新能源汽车尤其是电动汽车技术创新,力争在新能源尤其是电动汽车核心关键技术领域取得若干突破性、跨越式自主创新成果,大幅度增强我国新能源汽车自主创新能力,抢占新一代汽车技术主导权、发展主动权与市场制高点。这一研究的价值与意义集中体现在：论证了R&D融资与配置是我国汽车产业自主创新能力的核心影响因素；分析了我国汽车产业R&D融资与配置失效的原因及导致的问题,并提出了解决方案；原创性地提出了开征研发税解决汽车产业R&D融资市场失灵的构想；基于理性经济人批判创造性地提出了政府理性行为体假说及其具体内容；开拓性地提出了基于R&D有效融资与资源有效配置的国家新能源汽车自主创新工程的战略构想。