随着生物技术的不断进步,生物数据爆炸式增加,信息技术的迅速发展使得研究海量生物数据成为可能。将数据间复杂结构抽象成的生物网络逐渐成为生物领域研究的热点,其中肠道微生物网络仍有很多探究的空间。目前肠道微生物分析的主要方法是微生物多样性研究和微生物基因序列对应功能的研究,缺少了肠道微生物内部复杂耦合关系的探索。为了研究肠道微生物中的相互作用的复合体,本文引入复杂网络领域的模块分析,揭示微生物数据中的模块化结构。同时针对微生物网络中存在的难以检测的隐变量、隐关系和网络结构不均衡的问题,本文使用网络学习中的网络嵌入技术,将网络结构信息转换为嵌入向量,从而增加网络特征的分析维度去解决上述问题。本文通过构建一阶微生物网络和高阶微生物嵌入网络,再引入网络模块分析,对比肠道微生物个体分析发现网络分析能够得到一致性强的模块,并且还能够挖掘出肠道微生物数据中的潜在信息,为后续功能模块的提取打下基础。该分析方法还可以应用到其他生物领域研究中,解析复杂生物复合体结构。