miRNAs是长度约19-24个核苷酸且带有茎环结构的非编码RNA(ncRNA)在真核生物转录后调控中发挥着重要的作用。因此鉴定生活中常见中草药材以及经济作物中的miRNAs,不但能够对其作用机制有着深入的了解,同时能够有助于更好的鉴定、培养相应作物。冬虫夏草是一种由昆虫病原真菌感染幼虫进而形成的寄生复合体,具有很高的药用价值。在中国,冬虫夏草作为传统中药保健品、植物中草药、传统藏药有着超过2000年的使用历史,具有扩展支气管平滑肌,抑制肿瘤生长,抑制微生物增殖,调节免疫反应以及降血压等多种功效。自1929年由日本引入中国,小龙虾由于其较好的适应繁殖能力成为了中国重要的淡水养殖品种。本课题以冬虫夏草以及小龙虾为研究对象,分别对其miRNAs进行鉴定和相关研究。第一部分,我们以冬虫夏草为研究对象,通过结合高通量测序技术以及生物信息分析,鉴定了冬虫夏草中的保守miRNAs并预测了其特有的microRNA-like RNAs(milRNAs)。我们共鉴定了 40个保守miRNAs,以及31个冬虫夏草特有milRNAs,这些特有milRNAs由23个前体序列加工而成。随后,我们利用miRanda对这些milRNAs的靶点进行预测并进一步对这些靶基因的功能进行了功能聚类的分析(GO,Gene Ontology)。结果表明,这些靶基因的功能主要集中在参与生物体发育,代谢以及免疫调节,这也同时预示着冬虫夏草作为保健食品,中草药可能在人体中所发挥的重要的生物学功能。为进一步研究传统中草药冬虫夏草中milRNAs的生物学功能奠定了基础。第二部分,我们以小龙虾为研究对象,通过对不同盐度中其心脏和腮部的高通量测序数据的分析,共鉴定出保守miRNAs 101条,特异性表达前体序列2条,并通过RT-qPCR进行了验证。随后我们根据不同盐度中miRNAs表达谱,选择了三条差异表达的miRNAs,利用RT-qPCR进行了盐度相关分析。证实了,随着盐度的上升其表达量会随之下调。这些结果提示我们在面对盐度逆境时小龙虾体内miRNAs的可能发挥的潜在作用。