对云南省汉坦病毒在宿主动物内的流行及基因分型进行全面的研究，以有效地预防和控制其导致的流行性出血热是非常必要的。 　　本研究对2002年前在云南省不同地区采集的不同鼠种的13份免疫荧光阳性标本以及1份昆明动物所感染实验大白鼠标本进行基因分型。研究中首先选用适用于L、M、S三个片段的P14引物进行逆转录，然后选用M片段G1、G2区和S片段部分区域的10对特异性引物采用Nested-PCR技术扩增相应的基因片段，纯化后测定核苷酸序列。依据测定的三个片段的共28条核苷酸序列，对云南省汉坦病毒的流行特点进行分析，初步查清了云南省汉坦病毒的流行型别、亚型、优势流行型，以及汉坦病毒的流行特征及其演变进化的特点。主要获得以下几个方面的结果： 　　1.核苷酸序列的同源性及系统发生树分析表明云南省存在HTN和SEO两种型别的汉坦病毒，并以SEO为主要型别。 　　2.云南省流行的SEO型病毒核苷酸序列同源性较高，为93.4％-100％，且大部分高于97％，系统分析表明其分属两个亚型：S1和S3，且位于北部的永胜、寻甸县主要为S3亚型，位于南部的澜沧、勐海、景洪、泸西县主要为S1亚型，表现出一定的地区聚集现象。同亚型病毒间核苷酸序列同源性为97.5％-100％,不同亚型间为93.4％-97％。 　　3.HTN病毒分属H2、H5和H9亚型，毒株间差异较远，为10.3％-16.9％，且大理市大绒鼠HD24病毒S片段部分区域与来自韩国的HTN型病毒76-118同源性高达100％，而与国内报道的其它HTN型毒株同源性仅为76.2％-90.5％。 　　4.基于M片段G2区与S片段部分区域核苷酸序列所构建的系统进化树基本一致，但基于M片段G1区所构建的系统进化树与前两者差别较大。 　　5.本研究应用套式RT-PCR和序列分析的方法直接对现场捕获的阳性标本进行基因分型。