研究目的：为了掌握云南省狂犬病病毒流行株的基因型和分子遗传特征,分析狂犬病流行病学特征和流行趋势,为狂犬病防治提供科学依据. 方法：在云南省狂犬病流行区采集狂犬病病人唾液、脑脊液和死者脑组织,在疫区采集病犬或疫点扑杀犬的犬脑组织.脑组织用DFA法检测狂犬病病毒抗原,唾液、脑脊液和抗原阳性脑组织用RT-PCR法检查狂犬病病毒核酸,核酸阳性标本进行N和M基因核苷酸序列测定,用相关软件进行同源性和系统进化分析. 结果：19株均含有完整的N和M基因序列。同源性分析表明，19株云南标本N和M基因核昔酸序列同源性范围分别为88.4％-v100%和88.5%-100，推导氨基酸序列的同源性分别为95.8%-V99.8%和82.5%-99.5%。19株狂犬病病毒流行株的N和M基因同源性和系统进化树分析表明，均属于基因I型狂犬病病毒;核昔酸和氨基酸序列分析显示云南狂犬病病毒基本按来源地区的不同显示出较高的亲缘特性;种系发生树分析提示，云南狂犬病病毒与周边省份和邻近泰国等东南亚国家狂犬病病毒株具有高度亲缘关系。 结论：2007年一2009年云南省流行的狂犬病病毒株除来自周边省份疫源地的病毒株外，极可能还有来自东南亚的病毒株，这些病毒株具有明显的地域特征，这可能是造成云南省狂犬病疫情增长迅速的原因之一。云南省存在狂犬病进一步流行和扩散的可能，今后仍需加强滇东北、滇南和边境地区狂犬病防治工作。