背景:肝外胆管癌(Extrahepatic cholangiocarcinoma^EHCC)是一种常见的恶性肿瘤,发病率和死亡率逐年上升,其恶性程度高,预后差。目前手术、化疗和放疗等传统的治疗方法已达瓶颈,免疫治疗是近年来研究热点之一。随着高通量测序和生物信息技术的发展,人们对癌细胞突变产生的特异性抗原有了进一步的认识。肿瘤特异性抗原也称为肿瘤新生抗原(Neoantigen),目前已有研究表明其与多种恶性肿瘤的预后相关,并且利用新生抗原进行免疫治疗取得了良好效果。本研究的目的是预测并鉴定与EHCC预后相关的新生抗原,初步探讨其影响预后的可能机制,为后续利用新生抗原进行免疫治疗奠定研究基础。方法:使用24例EHCC患者的全外显子测序和转录组测序的数据来预测由HLA分子呈递的新生抗原。结果:在24例EHCC患者中检测到3246个外显子突变基因,鉴定出5508个新生抗原表位。新生抗原负荷、肿瘤突变负荷、免疫细胞浸润程度和免疫信号基因的表达与预后之间无相关性。高质量新生抗原与中性粒细胞浸润呈负相关(P=0.003)，与MPO表达呈负相关(p=0.019)。WDFY3 新生抗原与 CCL5(p=0.025)，CXCL9(p=0.036)和TIGIT(p=0.016)低表达有关,与CD8+T细胞(p=0.013)和中性粒细胞(p=0.013)浸润减少相关,与良好预后相关(p=0.030)。结论:具有WDFY3新生抗原的患者可能通过调节CCL5、CXCL9和TIGIT的低表达,进而调节N2表型中性粒细胞的功能,从而控制癌症生长。WDFY3新生抗原可能是EHCC患者评估预后和进行免疫治疗的首选标志物。