球虫病是一种严重危害畜牧业、造成重大经济损失的寄生原虫病。长期以来,球虫的分类和鉴定主要依赖于卵囊和孢子囊的形态特征、寄生部位、最短潜在期、最短孢子化时间、致病性等生物学特征。随着分子生物学技术的发展,采用PCR方法对寄生虫某段具有种特异性的DNA序列进行分析开辟了寄生虫分类学研究的新纪元。内转录间隔区(Internal transcribed spacers,ITS)是一种广泛应用于寄生虫种间分类鉴定的理想遗传标记。本论文利用单卵囊分离技术成功地分离到5株鸡艾美耳球虫纯株,其中第14#虫株,其卵囊大小为22.25μm×17.38μm,卵囊形状指数为1.28;最短孢子化时间为16h;最短潜在期为81h;寄生部位为小肠前1/3部位,初步鉴定为早熟艾美耳球虫(Eimeria praecox),为开展该种球虫生物学、分子生物学研究提供了条件。利用属特异性引物,对4种鸡艾美耳球虫基因组DNA进行PCR扩增,获得了4个虫种的ITS-1、ITS-2序列,大小范围在350bp-668bp之间,其中柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)的ITS-1序列大小为668bp,ITS-2序列为550-551bp;堆型艾美耳球虫(E.acervulina)的ITS-1大小为508bp,ITS-2为406bp;和缓艾美耳球虫(E.mitis)的ITS-1大小为493bp,ITS-2为446bp;巨型艾美耳球虫(E.maxima)的ITS1有2条扩增条带,其大小分别约为550bp和426bp,ITS-2大小为350bp。根据各种艾美耳球虫ITS-1、ITS-2扩增片段数及扩增片段大小,完全可以对上述4种球虫进行鉴定和区分。将扩增产物克隆到pMD 18-T载体,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,进行序列测定,选用E.tenella敏感株ITS-1、ITS-2序列,与其它三种球虫的ITS-1、ITS-2序列进行同源性比对,结果发现,4种艾美耳球虫种间的ITS-1序列同源性为41.3%-51.2%,ITS-2序列同源性为18.4%-31.6%,差异非常显着,完全可以利用两段ITS序列进行种间区分和鉴别。利用PCR技术成功地扩增出了E.tenella抗药性表型不同的7个虫株的ITS-1、ITS-2序列,结果所有虫株的ITS-1大小均为668bp,ITS-2序列中,仅马杜拉霉素抗药株为550bp,其余虫株均为551bp。对E.tenella虫株间序列同源性进行比对,发现ITS-1序列同源性为98.5%-99.9%,ITS-2序列同源性为96.2%-99.6%,各株间均有一些核苷酸差异,利用这些差异,有望采用一些特定的方法,对虫株进行区分和鉴别。上述工作的开展,丰富了鸡球虫内转录间隔区序列的遗传资料,对于准确鉴定球虫虫种及具有不同表型特征的虫株、对球虫抗药性的产生机制和分子检测,对开展球虫分子流行病学调查、正确制定防治方案,有效地预防和治疗球虫病,具有重要的理论和经济意义。