解析包含柔性无序区域的生物大分子的结构信息在结构生物学中一直是一个极具挑战性的问题。通常多结构域蛋白结构域间的柔性对其行使生物学功能至关重要。对溶液中的柔性的多结构域蛋白，由于其处于包含多种不同结构域取向的构象平衡之中，因此用一个结构系综来描述它是比较恰当的。而用单一的高分辨率的实验技术，如X射线晶体衍射或核磁共振技术，对多结构域蛋白的系综进行解析通常要比对单个结构域的解析要困难得多。X射线小角散射是一种高效的技术，它能得到柔性蛋白或大分子复合物的大小和形状等信息。　　最近，“整合结构生物学”(integrative structural biology)的概念被提出。它可以结合互补的高分辨率、低分辨率结构数据并以易整合的计算方法作桥梁，以得到蛋白的结构并描述其柔性。而计算机模拟技术，如全原子模拟、刚体建模、粗粒化模拟等是研究生物大分子非常有效的方法，其在整合不同分辨率的结构数据中扮演着越来越重要的角色。　　在本工作中，我们尝试用整合高分辨率的核磁共振解析的原子结构和低分辨率的X射线小角散射数据、原子水平的分子动力学模拟，以得到多结构域蛋白在溶液状态下的结构系综。我们研究了FBP21中由柔性linker连接的两个串联WW结构域，对该蛋白进行了微秒级别的分子动力学模拟以对其进行充分的采样，随后从轨迹中选出其中的代表构象，以更好地与实验的小角数据相吻合。根据这些结构系综，蛋白的两个结构域既能以紧凑的构象存在，也可以有伸展的构象。我们进一步分析了该现象的分子机理。　　我们还用整合低分辨率的X射线小角散射数据和高分辨率的晶体结构数据，建模方法以及分子动力学模拟和粗粒化模拟研究结合Vinculin小肽的CAP-SH3ab的复合物在溶液中的结构系综。分析结果显示粗粒化模拟要比全原子模拟采样更加充分，而对溶液中的CAP-SH3ab∶vin857复合物，用一个结构系综要比用单一构象对其进行描述更为恰当。